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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003418

染色体: Chr05 坐标: 45400912-45401982 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003418
名称SmilChr05G003418
描述glycine-rich protein 3-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向45400912 - 45401982 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024509
GeneID131024509
locus_tag-
NCBI NameLOC131024509
原始查询SmilChr05G003418

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich protein 3-like
产物glycine-rich protein 3-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF07172 (GRP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024509

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057809999.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809999.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809999.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809999.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057809999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:45401131 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 1 C1
Chr5:45401131 CCG C 2bp_deletion CDS_variant 1 C1
Chr5:45401153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C83
Chr5:45401162 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,C11,C60,C69,C7
Chr5:45401221 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 41 A14,A25,A7,B101,B106,B112,B134,B137,B138,B139,B15,B21,B24,B29,B31,B36,B42,B72,B74,B78,B79,B92,B96,B99,C19,C2,C31,C37,C39,C40,C41,C49,C6,C62,C64,C68,C72,C83,D10,D6,D7
Chr5:45401229 C CGT 2bp_insertion frameshift_variant 40 A14,A25,A7,B106,B112,B134,B137,B138,B139,B15,B21,B24,B29,B31,B36,B42,B72,B74,B78,B79,B92,B96,B99,C19,C2,C31,C37,C39,C40,C41,C49,C6,C62,C64,C68,C72,C83,D10,D6,D7
Chr5:45401237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr5:45401252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr5:45401261 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B17
Chr5:45401261 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B17
Chr5:45401318 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,D9
Chr5:45401349 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809999.1
138 aa
N
1
69
138
GRP
C
PF07172 GRP 1-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809999.1 Pfam PF07172 GRP Family 1 96 8.1e-13 49.5 Glycine rich protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954016.1
TTTCTATAAATACAGGATCTATCTCAGCAACATTCTCATCCTAAACAAAAAACACAACTATTTCACAACTCCAAGAAAAATGAGTTCCAAACTGATTCTTCTTCTCGGCCTTTTCTTAGCTGTGGCTCTTCTGGTTTCTTCAGAAGTAGCTTCAGCCAGCAGAGAACTCGCTGAGACCACTAATGCCGTTGATCCATCTGAGGAAACCGAAGGAGATGCAGCCAAAGACCAAGGAGGCTATGGAGGTTATCCCGGCGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024509
ATGAGTTCCAAACTGATTCTTCTTCTCGGCCTTTTCTTAGCTGTGGCTCTTCTGGTTTCTTCAGAAGTAGCTTCAGCCAGCAGAGAACTCGCTGAGACCACTAATGCCGTTGATCCATCTGAGGAAACCGAAGGAGATGCAGCCAAAGACCAAGGAGGCTATGGAGGTTATCCCGGCGGCGGATATGGAGGTTACCCTGGCGGAGGACGCGGTGGAGGCGGCTATGGCGGTGGACGCGGTGGTGGAGGCTATGGTGGAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809999.1
MSSKLILLLGLFLAVALLVSSEVASASRELAETTNAVDPSEETEGDAAKDQGGYGGYPGGGYGGYPGGGRGGGGYGGGRGGGGYGGGRGGGGYGGGRGGGGGGRGGYCRYGCCGRSYNRGGCRCCTFAGEKADVDIQN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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