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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003439`

染色体: Chr05 坐标: 45719915-45723048 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003439`
名称	SmilChr05G003439
描述	uncharacterized SmilChr05G003439
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	45719915 - 45723048 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025997`
GeneID	`131025997`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025997`
原始查询	`SmilChr05G003439`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os04g0191000` - identity=29.8; qcov=0.545; evalue=1.65e-40; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025997

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811760.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811760.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057811760.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057811760.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057811760.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:45719967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C23
`Chr5:45719970`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr5:45720017`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C23
`Chr5:45720030`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B48,C16
`Chr5:45720032`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A6
`Chr5:45720048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	31	A15,A24,B1,B103,B114,B117,B118,B119,B129,B19,B23,B26,B3,B33,B55,B61,B7,B77,B87,C17,C22,C29,C34,C4,C40,C54,C63,C73,C79,C84,D5
`Chr5:45720062`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B12,C64
`Chr5:45720082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B115,B12,C64
`Chr5:45720095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A20,C28,C41
`Chr5:45720095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,C28,C41
`Chr5:45720106`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,B53,C61
`Chr5:45720111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,B53,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811760.1

740 aa

370

740

PEG10_N-capsid

Ty3_capsid

zf-CCHC

RVP_2

Asp_protease_2

gag-asp_proteas

PRO_PEG10-RTL1

RVT_1

PF03732 PEG10_N-capsid 30-107 aa PF19259 Ty3_capsid 32-203 aa PF00098 zf-CCHC 281-296 aa PF08284 RVP_2 342-470 aa PF13650 Asp_protease_2 369-452 aa PF13975 gag-asp_proteas 369-454 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 374-470 aa PF00078 RVT_1 593-697 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811760.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	30	107	1.2e-11	45.5	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057811760.1`	Pfam	`PF19259`	Ty3_capsid	Domain	32	203	2.7e-09	37.5	Ty3 transposon capsid-like protein
`XP_057811760.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	281	296	7.9e-06	26.4	Zinc knuckle
`XP_057811760.1`	Pfam	`PF08284`	RVP_2	Domain	342	470	4.1e-28	98.6	Retroviral aspartyl protease
`XP_057811760.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	369	452	1.3e-09	39.3	Aspartyl protease
`XP_057811760.1`	Pfam	`PF13975`	gag-asp_proteas	Domain	369	454	1.2e-09	39.3	gag-polyprotein putative aspartyl protease
`XP_057811760.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	374	470	3e-09	38.0	PEG10/RTL1 protease domain
`XP_057811760.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	593	697	2e-23	84.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955777.1
ATGCCTCCTAGACGTGCCCCAAGAAACCAAGTAGATGTAGAAATTGAACCGCCACGAAGGGTTGAGGAACTTTTCCTCAAACAAAGTCCGCCTTCATTTAATGGGGTTGGGAGTCCAGTGGATGCTGAACATTGGATTAGGGCAATGGAGAGGATTTTCGATTTCCTCCATTGTAATGCACAAGAACGTTTGTCATGTGTTGCGTTCCAGCTGACTGGGTCTGCGGATTTTTGGTGGGAGGCTAAAAGAAAGGCAATGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025997
ATGCCTCCTAGACGTGCCCCAAGAAACCAAGTAGATGTAGAAATTGAACCGCCACGAAGGGTTGAGGAACTTTTCCTCAAACAAAGTCCGCCTTCATTTAATGGGGTTGGGAGTCCAGTGGATGCTGAACATTGGATTAGGGCAATGGAGAGGATTTTCGATTTCCTCCATTGTAATGCACAAGAACGTTTGTCATGTGTTGCGTTCCAGCTGACTGGGTCTGCGGATTTTTGGTGGGAGGCTAAAAGAAAGGCAATGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811760.1
MPPRRAPRNQVDVEIEPPRRVEELFLKQSPPSFNGVGSPVDAEHWIRAMERIFDFLHCNAQERLSCVAFQLTGSADFWWEAKRKAMTPQQLANLSWEDFKTEIYDKYIPKSYRKRKETEFYNLKQNKMSVTEYDRVFCDMSRYAPQQVDTDEKMSEKFRSGLRHEIKMALASHGDLTYSEALSRALDVEAAMPEDRPAQTQAQGANDRGKRKWEGNNNNNRGYYNSQDEKRPWQGNMVPQGQGQGQQTHPGPVGNNQGQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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