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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003448

染色体: Chr05 坐标: 45858837-45860514 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003448
名称SmilChr05G003448
描述uncharacterized SmilChr05G003448
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向45858837 - 45860514 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024535
GeneID131024535
locus_tag-
NCBI NameLOC131024535
原始查询SmilChr05G003448

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0235100; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os01g0235100; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G42070 (AT5G42070)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834212]
identity=77.9; qcov=0.405; evalue=6.2e-37; confidence=low
RiceOs01g0235100
-
identity=67; qcov=0.577; evalue=8.39e-44; confidence=medium
GOGO:0009507 (chloroplast)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024535

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057810029.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057810029.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057810029.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810029.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810029.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:45859040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B68,C35,C48
Chr5:45859058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B93,D10
Chr5:45859149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B122
Chr5:45859164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,C6,C83
Chr5:45859176 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C83
Chr5:45859885 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B118
Chr5:45859885 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B118
Chr5:45859999 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 5 B16,B6,C39,C56,C67
Chr5:45859999 GC G 1bp_deletion CDS_variant 5 B16,B6,C39,C56,C67
Chr5:45860094 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A25,B11,B45,B52,C24,C28,C3,C44,C8
Chr5:45860111 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 9 A25,B11,B45,B52,C24,C28,C3,C44,C8
Chr5:45860127 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A16,B108,B122,B131,B46,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954047.1
TCAAATAAACTATTTACAAGATAAAACGAAACGACTACTGAGAGAGAGGAATTGAAATCAGTGGTTGGAATTATCCATGTAACTTATCTTCCTCCCACCACACACAGAGAGAGAAGGCCGATTATGGCTGCCACCGCCGTCACCGGCACCACCTTCTTCCCTTCCTCTCTCCCAAAACCACCGCCCTCCCATAAATTCTTTCCCTCATCCCGACACTTTCTCAAAATCACTGCACCTCTGGCTCTGGTTAGTACGGCAAT...
XM_057954046.1
AACGAAACGACTACTGAGAGAGAGGAATTGAAATCAGTGGTTGGAATTATCCATGTAACTTATCTTCCTCCCACCACACACAGAGAGAGAAGGCCGATTATGGCTGCCACCGCCGTCACCGGCACCACCTTCTTCCCTTCCTCTCTCCCAAAACCACCGCCCTCCCATAAATTCTTTCCCTCATCCCGACACTTTCTCAAAATCACTGCACCTCTGGCTCTGGTTAGTACGGCAATCACCCCACCTTCTGTTTCATCGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024535
ATGGCTGCCACCGCCGTCACCGGCACCACCTTCTTCCCTTCCTCTCTCCCAAAACCACCGCCCTCCCATAAATTCTTTCCCTCATCCCGACACTTTCTCAAAATCACTGCACCTCTGGCTCTGGTTAGTACGGCAATCACCCCACCTTCTGTTTCATCGCCTGAAACTAGCGTTGTTGCTCAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGCGGAGCAAAGTGATGATTCGAGCTCGGCATCTCTCCCTCCTCTCACGGGGTGTAAAGG...
LOC131024535
ATGGCTGCCACCGCCGTCACCGGCACCACCTTCTTCCCTTCCTCTCTCCCAAAACCACCGCCCTCCCATAAATTCTTTCCCTCATCCCGACACTTTCTCAAAATCACTGCACCTCTGGCTCTGGTTAGTACGGCAATCACCCCACCTTCTGTTTCATCGCCTGAAACTAGCGTTGTTGCTCAACAAGAAGAAGAAGAAGAAGCGGAGCAAAGTGATGATTCGAGCTCGGCATCTCTCCCTCCTCTCACGGGGTGTAAAGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810029.1
MAATAVTGTTFFPSSLPKPPPSHKFFPSSRHFLKITAPLALVSTAITPPSVSSPETSVVAQQEEEEEAEQSDDSSSASLPPLTGCKGCGREEIERGCNGEGRIQGGIATVPGFGWWPIKAYRPCPAYLQSGGRYRRSGQSMDEVVSGRGATVKVIKIHHSFITAFHISFLDLRWLIITSKCISTAKLVSSDFRGLCLEPDYISNLLLYLK
XP_057810030.1
MAATAVTGTTFFPSSLPKPPPSHKFFPSSRHFLKITAPLALVSTAITPPSVSSPETSVVAQQEEEEEAEQSDDSSSASLPPLTGCKGCGREEIERGCNGEGRIQGGIATVPGFGWWPIKAYRPCPAYLQSGGRYRRSGQSMDEVVSGRGATVKQQNSKRKDLGESRGN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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