当前解析结果
SmilChr05G003466| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003466 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003466 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003466 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 46045839 - 46046820 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026002 |
|---|---|
| GeneID | 131026002 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026002 |
| 原始查询 | SmilChr05G003466 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03004 (Transposase_24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026002 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811766.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811766.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811766.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811766.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057811766.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:46045849 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B59 |
Chr5:46045849 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr5:46045865 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr5:46045901 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C82,D7 |
Chr5:46045903 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:46045914 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr5:46045932 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr5:46045943 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B18,B93 |
Chr5:46045955 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr5:46045970 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B120,D8 |
Chr5:46045970 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B120,D8 |
Chr5:46045979 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B71,C34,C35,C69,C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811766.1PF03004
Transposase_24 65-206 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811766.1 |
Pfam | PF03004 |
Transposase_24 | Family | 65 | 206 | 4.6e-26 | 92.3 | Plant transposase (Ptta/En/Spm family) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。