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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003479

染色体: Chr05 坐标: 46183040-46183742 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003479
名称SmilChr05G003479
描述3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向46183040 - 46183742 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026004
GeneID131026004
locus_tag-
NCBI NameLOC131026004
原始查询SmilChr05G003479

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
产物3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G46290 (KASI)
3-ketoacyl-acyl carrier protein synthase I [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834671]
identity=61.8; qcov=0.854; evalue=1.43e-69; confidence=high
RiceOs04g0445700
-
identity=62.9; qcov=0.839; evalue=1.2e-71; confidence=high
GOGO:0004315 (3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF00109 (ketoacyl-synt)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026004

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811768.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811768.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057811768.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811768.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811768.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:46183078 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B27
Chr5:46183078 AAG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B27
Chr5:46183270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B6,C39,C56,C67
Chr5:46183652 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 23 A14,A4,B102,B110,B111,B129,B35,B37,B39,B41,B55,B61,B68,B69,B7,B79,B86,C18,C36,C42,C60,C65,D5
Chr5:46183655 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 11 A14,B111,B37,B39,B41,B61,B68,B7,B86,C18,C60
Chr5:46183659 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 3 B41,B7,B86
Chr5:46183659 T TCC 2bp_insertion CDS_variant 3 B41,B7,B86
Chr5:46183716 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B125
Chr5:46183716 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B125

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811768.1
199 aa
N
1
100
199
ketoacyl-synt
C
PF00109 ketoacyl-synt 14-171 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811768.1 Pfam PF00109 ketoacyl-synt Domain 14 171 2.3e-22 80.6 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955785.1
GACGTGGGAAGATCAAATCAATGGCTTCTTCGTCTCTAAAGAGAGAAAGTGATCCCAAGAAAAGGATAGTGATAACTGGAATGGGCATTGTTTCCGTTTTCGGAAATGACATCCACACTTACTACAACAAACTGCTTGATGGAGTGAGCGGTATCACTCCCATCGACAGATTTGATACATCAGATTTCTCTGTTAAGATTGCGGGTCAGATTCGCGACTTCTCTTCCGAGGGATACATCAACGCCAAGGATGATCGTCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026004
ATGGCTTCTTCGTCTCTAAAGAGAGAAAGTGATCCCAAGAAAAGGATAGTGATAACTGGAATGGGCATTGTTTCCGTTTTCGGAAATGACATCCACACTTACTACAACAAACTGCTTGATGGAGTGAGCGGTATCACTCCCATCGACAGATTTGATACATCAGATTTCTCTGTTAAGATTGCGGGTCAGATTCGCGACTTCTCTTCCGAGGGATACATCAACGCCAAGGATGATCGTCGTCTCGATGATTGCTGGAGATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811768.1
MASSSLKRESDPKKRIVITGMGIVSVFGNDIHTYYNKLLDGVSGITPIDRFDTSDFSVKIAGQIRDFSSEGYINAKDDRRLDDCWRYCLVAGKKALDDATLGKQLLADTAMDKTRMGVLVGTCMGNYEALTSGVETLNEKGNKKMSPFFIPYSISNMGPALLAMDTGFMGHYYRNWIRHCIYYTGFCKSLLSYIYCLLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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