Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003482`

染色体: Chr05 坐标: 46242056-46242797 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003482`
名称	SmilChr05G003482
描述	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	46242056 - 46242797 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026008`
GeneID	`131026008`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026008`
原始查询	`SmilChr05G003482`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
产物	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G46290` (KASI) 3-ketoacyl-acyl carrier protein synthase I [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834671] identity=66; qcov=0.758; evalue=1.52e-68; confidence=high
Rice	`Os04g0445700` - identity=64; qcov=0.758; evalue=1.17e-67; confidence=high
GO	GO:0004315 (3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF00109 (ketoacyl-synt); PF02801 (Ketoacyl-synt_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026008

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Peroxisome	过氧化物酶体	1.00000	`XP_057811771.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057811771.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811771.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811771.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811771.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:46242177`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:46242223`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C8
`Chr5:46242223`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C8
`Chr5:46242463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:46242468`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,C61
`Chr5:46242477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C35
`Chr5:46242481`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B65
`Chr5:46242488`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,C62,C82
`Chr5:46242560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr5:46242582`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B58,C32,C68
`Chr5:46242706`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,A4,B67,C15,C6
`Chr5:46242708`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,A4,B67,C15,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811771.1

198 aa

198

ketoacyl-synt

Ketoacyl-synt_C

PF00109 ketoacyl-synt 1-62 aa PF02801 Ketoacyl-synt_C 71-151 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811771.1`	Pfam	`PF00109`	ketoacyl-synt	Domain	1	62	1.3e-07	32.2	Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain
`XP_057811771.1`	Pfam	`PF02801`	Ketoacyl-synt_C	Domain	71	151	6.4e-19	68.8	Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955788.1
ACTGCCAACCACTGCTTCATCGCTGCTGCAAACCACATCAGACGAGGCGAAGCAGATGTCATGATGGCCAGTGCATCGGATTCCGGAGTCACTCCAGCAGGAATCGGAGGCTGCGTAGCCTGCAGTGCCTTGTCTATGAGAAATGAGCAACCACACAAGGCGTCAAGGCCATGGGACATACACTGCGATGGTTTTATCATGGGAGAAGGTGCTGGAATCTTGATAATGGAGAGCATGGAGCACGCGATGAAAAGAGGGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026008
ATGATGGCCAGTGCATCGGATTCCGGAGTCACTCCAGCAGGAATCGGAGGCTGCGTAGCCTGCAGTGCCTTGTCTATGAGAAATGAGCAACCACACAAGGCGTCAAGGCCATGGGACATACACTGCGATGGTTTTATCATGGGAGAAGGTGCTGGAATCTTGATAATGGAGAGCATGGAGCACGCGATGAAAAGAGGGGCGAGGGTTTATGTAGAGTATTTGGGAGGTGCAGCTACCTGTGATGCTCATCACATCACGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811771.1
MMASASDSGVTPAGIGGCVACSALSMRNEQPHKASRPWDIHCDGFIMGEGAGILIMESMEHAMKRGARVYVEYLGGAATCDAHHITDPHPDGLGVASCMIKSLKDAGVAAEEVNYVNAHATSTRAGDLPELKAIKKVFNNTSELKINATKVKLTFIFTLRLLINNMVSTAFFVKPENTALKKNVIFTSKFRRYIHPAR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器