当前解析结果
SmilChr05G003485| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003485 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003485 |
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 46299286 - 46299894 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026011 |
|---|---|
| GeneID | 131026011 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026011 |
| 原始查询 | SmilChr05G003485 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| 产物 | secreted RxLR effector protein 161-like |
| Arabidopsis | AT4G23160 (CRK8)cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=38.99; qcov=0.787; evalue=1.8e-24; confidence=medium |
| Rice | Os10g0432200- identity=35.85; qcov=0.787; evalue=9.18e-26; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026011 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811773.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057811773.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057811773.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:46299297 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,D4,D9 |
Chr5:46299337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr5:46299474 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr5:46299498 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr5:46299513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | A3,B59,B60,B73,B86,C23,C25,C3,D4 |
Chr5:46299518 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr5:46299526 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B54,C10 |
Chr5:46299548 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B71,B93 |
Chr5:46299551 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B58,C32,C68 |
Chr5:46299601 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B22,B43 |
Chr5:46299616 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B16,C39,C56,C67 |
Chr5:46299642 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B17 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。