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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003487

染色体: Chr05 坐标: 46374477-46375199 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003487
名称SmilChr05G003487
描述3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向46374477 - 46375199 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026012
GeneID131026012
locus_tag-
NCBI NameLOC131026012
原始查询SmilChr05G003487

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I, chloroplastic-like
产物3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G46290 (KASI)
3-ketoacyl-acyl carrier protein synthase I [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834671]
identity=66.7; qcov=0.637; evalue=5.18e-43; confidence=medium
RiceOs06g0196600 (OsKASI)
-
identity=68.8; qcov=0.581; evalue=2.58e-40; confidence=medium
GOGO:0004315 (3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF00109 (ketoacyl-synt)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026012

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057811775.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057811775.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811775.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811775.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811775.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:46374576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811775.1
160 aa
N
1
80
160
ketoacyl-synt
C
PF00109 ketoacyl-synt 60-158 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811775.1 Pfam PF00109 ketoacyl-synt Domain 60 158 2.9e-11 44.2 Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955792.1
GTTCACTTTTTACTTCTTCTTATAAATTAAAGAAATAAGCCATCAGCTTAGGTGTAAAAATGTCGAGCTATGCTTGCGCAGTTTCTTCAGCTCTGCATGCTCTTAACAGGAGGAACAAAGAATCAAGAAACACTCATCGCTCTAATGGCCTCAAATCAGTCGACTTTACAACTTCAGCAAGACGTGGGAAGATCAAATCATTGCAGGCTTCTCCAAAGAGAGAAAGAGATCCGAAGAAAAGGATAGTGATAACTGGAATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026012
ATGTCGAGCTATGCTTGCGCAGTTTCTTCAGCTCTGCATGCTCTTAACAGGAGGAACAAAGAATCAAGAAACACTCATCGCTCTAATGGCCTCAAATCAGTCGACTTTACAACTTCAGCAAGACGTGGGAAGATCAAATCATTGCAGGCTTCTCCAAAGAGAGAAAGAGATCCGAAGAAAAGGATAGTGATAACTGGAATGGGCCTTGTTTCGGTTTTCGGAAATGACATCGACACTTACTACAACAAACTCCTTGATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811775.1
MSSYACAVSSALHALNRRNKESRNTHRSNGLKSVDFTTSARRGKIKSLQASPKRERDPKKRIVITGMGLVSVFGNDIDTYYNKLLDGVSGITPIDRFDTSDFSIKIAGQIHDFSSEGYINAKDDRRLDDCWRYGLVAGKRALDDATLGKQLLADAAVGIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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