Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003502`

染色体: Chr05 坐标: 46679865-46686703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003502`
名称	SmilChr05G003502
描述	protein IWS1 homolog 1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	46679865 - 46686703 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024545`
GeneID	`131024545`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024545`
原始查询	`SmilChr05G003502`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein IWS1 homolog 1-like
产物	protein IWS1 homolog 1-like
Arabidopsis	`AT1G32130` (IWS1) Transcription elongation factor (TFIIS) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840105] identity=61.8; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0147200` (IWS1) - identity=61.1; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009742 (brassinosteroid mediated signaling pathway); GO:0032784 (regulation of DNA-templated transcription elongation)
KEGG	-
Pfam	PF08711 (Med26)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024545

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810040.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057810040.1`
3	Nuclear speckle	核斑点	0.20000	`XP_057810040.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810040.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810040.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:46680633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr5:46680660`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B67,C18,C29,C72,D2
`Chr5:46680660`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B67,C18,C29,C72,D2
`Chr5:46682129`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr5:46682161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B48,B98,C61,C80,D7
`Chr5:46684044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B127,D2
`Chr5:46685499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr5:46685534`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B24
`Chr5:46685655`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	B117,B127,B46,B58,B7,C11,C28,C32,C68,C69,D2
`Chr5:46685743`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D11
`Chr5:46685743`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D11
`Chr5:46685764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	40	A15,A7,A8,B105,B109,B114,B118,B123,B127,B130,B132,B134,B135,B136,B138,B140,B21,B28,B35,B37,B80,B91,B93,C11,C18,C25,C29,C3,C30,C33,C35,C38,C49,C53,C69,C71,C72,C8,D2,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810040.1

536 aa

268

536

Med26

PF08711 Med26 336-376 aa

XP_057810041.1

505 aa

252

505

Med26

PF08711 Med26 336-376 aa

XP_057810042.1

504 aa

252

504

Med26

PF08711 Med26 336-375 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810040.1`	Pfam	`PF08711`	Med26	Domain	336	376	8.7e-12	45.4	TFIIS helical bundle-like domain
`XP_057810041.1`	Pfam	`PF08711`	Med26	Domain	336	376	7.9e-12	45.5	TFIIS helical bundle-like domain
`XP_057810042.1`	Pfam	`PF08711`	Med26	Domain	336	375	2.6e-08	34.3	TFIIS helical bundle-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954059.1
TCCTTAACTGGAAGTGAAATTTCTTGTCTGCTGAAATCATCCCCCGCTTTCAGTTTCAGACCGTCAATCTATCAATTTCCTTTCCACAAAATTTTGTTAGTTATATATGTGTTATATTTCTCCAATAAATTTCACGGCTTCTGCACCGATTGCCGTCTGTCATATCGGCAACATAGGTTTTTGTTTCATACTACTTGTTCAAGATTCACGCACTAAACCCAGCAAGTTCAGAGAGCTATAATCGCACCAGAACTTGTAGA...

XM_057954058.1
TCCTTAACTGGAAGTGAAATTTCTTGTCTGCTGAAATCATCCCCCGCTTTCAGTTTCAGACCGTCAATCTATCAATTTCCTTTCCACAAAATTTTGTTAGTTATATATGTGTTATATTTCTCCAATAAATTTCACGGCTTCTGCACCGATTGCCGTCTGTCATATCGGCAACATAGGTTTTTGTTTCATACTACTTGTTCAAGATTCACGCACTAAACCCAGCAAGTTCAGAGAGCTATAATCGCACCAGAACTTGTAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131024545
ATGGCATACGAGAACGACGCCTACCGTGATGAAGAAGGCGAGCCATTGGTGGACTTCGATGATGATGTCCGATCTGAAGGGGAACAGCCCCACGATCTCTTGGATGACATAGATGATTCCGTCTACGATCGCAGCGAAAGATCTCCAACGCCAGTGTTTAATGACTCGAATTCTAAGCCCCGGAAGCGATTGATAAAAAAATCATCTATTAAAGAATCTGGGCCCTTAGATTTTGGATTAGATGATGATGATGATGATGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057810040.1
MAYENDAYRDEEGEPLVDFDDDVRSEGEQPHDLLDDIDDSVYDRSERSPTPVFNDSNSKPRKRLIKKSSIKESGPLDFGLDDDDDDVGDVGGDYGREDDVAGLVRDDYSDGGKRKRDKGEKLRILEKNRKAEKEKKFKVRKSGGGRMKDHEADPEMKEMWDTIAGDNSEDDQEGVRTLDDDNFIDDTGVDPSDRYASDREHSPSRAPEAEEGEEDDEIKDLFKVGRKKKKTEKSPAEIALLVENVMAELEVVAEEDAELN...

XP_057810041.1
MAYENDAYRDEEGEPLVDFDDDVRSEGEQPHDLLDDIDDSVYDRSERSPTPVFNDSNSKPRKRLIKKSSIKESGPLDFGLDDDDDDVGDVGGDYGREDDVAGLVRDDYSDGGKRKRDKGEKLRILEKNRKAEKEKKFKVRKSGGGRMKDHEADPEMKEMWDTIAGDNSEDDQEGVRTLDDDNFIDDTGVDPSDRYASDREHSPSRAPEAEEGEEDDEIKDLFKVGRKKKKTEKSPAEIALLVENVMAELEVVAEEDAELN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器