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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003521

染色体: Chr05 坐标: 47036783-47043273 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003521
名称SmilChr05G003521
描述phosphomevalonate kinase, peroxisomal
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47036783 - 47043273 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024593
GeneID131024593
locus_tag-
NCBI NameLOC131024593
原始查询SmilChr05G003521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphomevalonate kinase, peroxisomal
产物phosphomevalonate kinase%2C peroxisomal
ArabidopsisAT1G31910 (AT1G31910)
GHMP kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840081]
identity=70.1; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0253100
-
identity=65.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004631 (phosphomevalonate kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005777 (peroxisome); GO:0010142 (farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway); GO:0019287 (isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway)
KEGGsmil00900 (Terpenoid backbone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00288 (GHMP_kinases_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024593

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057810078.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057810078.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057810085.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810078.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810078.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47038241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr5:47039280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr5:47039295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,D10
Chr5:47039813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr5:47039855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr5:47039931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B138,B60,B91,C25
Chr5:47040032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:47042791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B138,B60,B91,C25
Chr5:47042869 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B79,C3,C8
Chr5:47042905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B48,B98,C35,C61,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810078.1
509 aa
N
1
254
509
GHMP_kinases_N
C
PF00288 GHMP_kinases_N 180-253 aa
XP_057810079.1
509 aa
N
1
254
509
GHMP_kinases_N
C
PF00288 GHMP_kinases_N 180-253 aa
XP_057810080.1
509 aa
N
1
254
509
GHMP_kinases_N
C
PF00288 GHMP_kinases_N 180-253 aa
XP_057810081.1
509 aa
N
1
254
509
GHMP_kinases_N
C
PF00288 GHMP_kinases_N 180-253 aa
XP_057810082.1
509 aa
N
1
254
509
GHMP_kinases_N
C
PF00288 GHMP_kinases_N 180-253 aa
XP_057810083.1
509 aa
N
1
254
509
GHMP_kinases_N
C
PF00288 GHMP_kinases_N 180-253 aa
XP_057810084.1
509 aa
N
1
254
509
GHMP_kinases_N
C
PF00288 GHMP_kinases_N 180-253 aa
XP_057810085.1
497 aa
N
1
248
497
GHMP_kinases_N
C
PF00288 GHMP_kinases_N 168-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810078.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 180 253 8.8e-06 26.6 GHMP kinases N terminal domain
XP_057810079.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 180 253 8.8e-06 26.6 GHMP kinases N terminal domain
XP_057810080.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 180 253 8.8e-06 26.6 GHMP kinases N terminal domain
XP_057810081.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 180 253 8.8e-06 26.6 GHMP kinases N terminal domain
XP_057810082.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 180 253 8.8e-06 26.6 GHMP kinases N terminal domain
XP_057810083.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 180 253 8.8e-06 26.6 GHMP kinases N terminal domain
XP_057810084.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 180 253 8.8e-06 26.6 GHMP kinases N terminal domain
XP_057810085.1 Pfam PF00288 GHMP_kinases_N Domain 168 241 7.9e-06 26.7 GHMP kinases N terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954097.1
ACGCACACAACCTTCTTCCACCCCCTATCTCAGAAATCCGGCTGGTCGTCTTCGTCTCTCTCTCAAATCGAGCAAAATCCAAAATTCCCAATTTTATATTTCAGTGACACACTAGCGCTATTTTGCTCTTAGACATGCTCAGACCAAATCCCGAGTGGCATTCAAGTAAGTGGGAGTCGAAATAAAGGCCGCCACGCCCTCTTCTCAGCCTCAACTCAACAACATCAAGAACCCATAATTAATTCTATTTGTTCATCAGG...
XM_057954100.1
AATCGGCTGTATTCGGAAGGACGGACCGGTTTGGTTCTCGTAGACTCACCCGGAAATCGGGCCGCCGCACAAGTTTGAAAGTCATATTCGGAAGTCAAAATTTACACACTCATAAAGACTGCTGCTCTTACTTAGTTGTTATCGTCGCCTTCATTCATCCCACCAAATCCCACGCACTTGTTGTTGCTTTGCTCAGGTATACGCCGAACTTTCAAAATCGCACAAAGTGGTAATTTTTGAAAAATGGCAGTGGTTGCTTC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131024593
ATGGCAGTGGTTGCTTCTGCTCCGGGCAAGGTTTTAATGACCGGGGGCTACCTTGTGTTGGAGAAGCCTAATGCTGGGATTGTACTGAGTACAAATGCCCGCTTTTATGCAATTGTAAAGCCACTAAATGAGGAAGCTAAACCCAACAGTTGGGCATGGTCATGGACAGATGTGAAACTGACTTCACCTCAGATGGGAAGAGAAATTATGTACAAATTGTCACTTAAGACTCTACAGCTACAGAGTGTGTCTTCTAGTGA...
LOC131024593
ATGGCAGTGGTTGCTTCTGCTCCGGGCAAGGTTTTAATGACCGGGGGCTACCTTGTGTTGGAGAAGCCTAATGCTGGGATTGTACTGAGTACAAATGCCCGCTTTTATGCAATTGTAAAGCCACTAAATGAGGAAGCTAAACCCAACAGTTGGGCATGGTCATGGACAGATGTGAAACTGACTTCACCTCAGATGGGAAGAGAAATTATGTACAAATTGTCACTTAAGACTCTACAGCTACAGAGTGTGTCTTCTAGTGA...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057810078.1
MAVVASAPGKVLMTGGYLVLEKPNAGIVLSTNARFYAIVKPLNEEAKPNSWAWSWTDVKLTSPQMGREIMYKLSLKTLQLQSVSSSDTRNPFVEYALQYVVAAACATFDQPKKDELQKLLLLGLDITILGCNEFYSYRNQIEARGLPLTSESLASLPPFTSIAFNEEESSGQKSKPEVAKTGLGSSAAMTTAVVAALLHYLGVVSLPSEFSGPLEGDKVSADLDVVHVIAQTAHCIAQGKVGSGFDVSSAVYGSQRYVRF...
XP_057810079.1
MAVVASAPGKVLMTGGYLVLEKPNAGIVLSTNARFYAIVKPLNEEAKPNSWAWSWTDVKLTSPQMGREIMYKLSLKTLQLQSVSSSDTRNPFVEYALQYVVAAACATFDQPKKDELQKLLLLGLDITILGCNEFYSYRNQIEARGLPLTSESLASLPPFTSIAFNEEESSGQKSKPEVAKTGLGSSAAMTTAVVAALLHYLGVVSLPSEFSGPLEGDKVSADLDVVHVIAQTAHCIAQGKVGSGFDVSSAVYGSQRYVRF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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