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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003545

染色体: Chr05 坐标: 47315673-47319918 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003545
名称SmilChr05G003545
描述uncharacterized SmilChr05G003545
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47315673 - 47319918 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024823
GeneID131024823
locus_tag-
NCBI NameLOC131024823
原始查询SmilChr05G003545

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0599700; species=rice; confidence=high
产物hit=Os04g0599700; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G80480 (PTAC17)
plastid transcriptionally active 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844387]
identity=59.8; qcov=0.954; evalue=1.54e-152; confidence=high
RiceOs04g0599700
-
identity=69.5; qcov=0.928; evalue=8.15e-178; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF02492 (cobW); PF07683 (CobW_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024823

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057810345.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057810345.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810345.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810345.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810345.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47315805 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:47315878 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B24,B80,B91
Chr5:47315916 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr5:47315974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr5:47316871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B69,B9
Chr5:47317359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:47317372 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C41
Chr5:47318326 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B28,B70,B82,C78
Chr5:47319237 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B33,B69,B9,C82
Chr5:47319246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,C18,C29,C72,D2
Chr5:47319285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B22,B33,B69,B9,C82
Chr5:47319540 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 108 A1,A13,A14,A18,A22,A24,A25,A5,B100,B111,B113,B115,B117,B12,B124,B126,B128,B13,B130,B132,B137,B139,B14,B15,B18,B23,B26,B30,B36,B4,B40,B42,B43,B46,B49,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B59,B61,B62,B64,B71,B72,B74,B76,B77,B78,B79,B81,B86,B88,B9,B90,B92,B96,B99,C1,C11,C12,C14,C16,C19,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C32,C33,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C47,C49,C51,C55,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C74,C79,C80,C85,D3,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810345.1
427 aa
N
1
214
427
cobW
CobW_C
C
PF02492 cobW 76-261 aa PF07683 CobW_C 319-371 aa
XP_057810346.1
414 aa
N
1
207
414
cobW
CobW_C
C
PF02492 cobW 76-261 aa PF07683 CobW_C 319-413 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810345.1 Pfam PF02492 cobW Domain 76 261 2.7e-59 200.6 CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain
XP_057810345.1 Pfam PF07683 CobW_C Domain 319 371 6.9e-10 39.4 Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain
XP_057810346.1 Pfam PF02492 cobW Domain 76 261 2.5e-59 200.6 CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain
XP_057810346.1 Pfam PF07683 CobW_C Domain 319 413 1.6e-25 89.5 Cobalamin synthesis protein cobW C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954363.1
GGAGTATTATGGAGCCGGGGGATTCTTAAATTTGAGTGAAGAGCTGTGGGGGGGGTTTAGGGTTTAAGCTTCTTCTTCTCTCCTGCTGAACTTTAATGGCAACTGCGGTCAGATTCCTGCTTTCGAGAACGACACCCCGTACCCTCTTCCACTCTCCTGGACCATGTCATCTCGCTAATTATCTCCCCATAATTCTCCACTCCTTCCTTTATAAAGAAACCAATTTCCATTCCAGAAGCTTCTCTACCGACGCATCCCAC...
XM_057954362.1
ATTCTTAAATTTGAGTGAAGAGCTGTGGGGGGGGTTTAGGGTTTAAGCTTCTTCTTCTCTCCTGCTGAACTTTAATGGCAACTGCGGTCAGATTCCTGCTTTCGAGAACGACACCCCGTACCCTCTTCCACTCTCCTGGACCATGTCATCTCGCTAATTATCTCCCCATAATTCTCCACTCCTTCCTTTATAAAGAAACCAATTTCCATTCCAGAAGCTTCTCTACCGACGCATCCCACTCCATCACTCAGGACTTGAAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024823
ATGGCAACTGCGGTCAGATTCCTGCTTTCGAGAACGACACCCCGTACCCTCTTCCACTCTCCTGGACCATGTCATCTCGCTAATTATCTCCCCATAATTCTCCACTCCTTCCTTTATAAAGAAACCAATTTCCATTCCAGAAGCTTCTCTACCGACGCATCCCACTCCATCACTCAGGACTTGAACTCTTCCGTCGCTGCCGCTTTCAATCTCGACAACCGTGTCCCCGCCACCGTTATCACCGGTTTCCTTGGCTCCGG...
LOC131024823
ATGGCAACTGCGGTCAGATTCCTGCTTTCGAGAACGACACCCCGTACCCTCTTCCACTCTCCTGGACCATGTCATCTCGCTAATTATCTCCCCATAATTCTCCACTCCTTCCTTTATAAAGAAACCAATTTCCATTCCAGAAGCTTCTCTACCGACGCATCCCACTCCATCACTCAGGACTTGAACTCTTCCGTCGCTGCCGCTTTCAATCTCGACAACCGTGTCCCCGCCACCGTTATCACCGGTTTCCTTGGCTCCGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057810345.1
MATAVRFLLSRTTPRTLFHSPGPCHLANYLPIILHSFLYKETNFHSRSFSTDASHSITQDLNSSVAAAFNLDNRVPATVITGFLGSGKTTLLNHILTSQHGKRIAVIENEFGEVDIDSSLVASHSSSNEEIIMVNNGCLCCTVRGDLVKMLLELVNKKRDKFDHIVIETTGLAKPGPVIETFYSDELLSRHVKLDGVVTLVDSVNAIKHLNEVKPRFVVNEAVEQIAFADRIIINKTDLASEAEVESLTNRIKHINGMAQ...
XP_057810346.1
MATAVRFLLSRTTPRTLFHSPGPCHLANYLPIILHSFLYKETNFHSRSFSTDASHSITQDLNSSVAAAFNLDNRVPATVITGFLGSGKTTLLNHILTSQHGKRIAVIENEFGEVDIDSSLVASHSSSNEEIIMVNNGCLCCTVRGDLVKMLLELVNKKRDKFDHIVIETTGLAKPGPVIETFYSDELLSRHVKLDGVVTLVDSVNAIKHLNEVKPRFVVNEAVEQIAFADRIIINKTDLASEAEVESLTNRIKHINGMAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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