当前解析结果
SmilChr05G003556| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003556 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003556 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 73B4-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 47477271 - 47479136 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987056 |
|---|---|
| GeneID | 130987056 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987056 |
| 原始查询 | SmilChr05G003556 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 73B4-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 73B4-like |
| Arabidopsis | AT4G34135 (UGT73B2)UDP-glucosyltransferase 73B2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829560] identity=28.5; qcov=0.898; evalue=1.72e-48; confidence=low |
| Rice | Os01g0597800- identity=27.4; qcov=1.02; evalue=1.22e-47; confidence=low |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987056 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057766602.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057766602.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766602.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766602.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766602.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:47477590 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,C78 |
Chr5:47477606 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr5:47477607 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,C35,C68 |
Chr5:47477609 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C29,C72 |
Chr5:47477873 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B127 |
Chr5:47477874 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr5:47477975 |
AG |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 5 | A2,B139,B47,C56,D6 |
Chr5:47477975 |
AG |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 5 | A2,B139,B47,C56,D6 |
Chr5:47478022 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C11 |
Chr5:47478049 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B9,C11 |
Chr5:47478209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B33 |
Chr5:47478281 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C36,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766602.1PF00201
UDPGT 300-444 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766602.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 300 | 444 | 1.3e-19 | 71.2 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。