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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003561

染色体: Chr05 坐标: 47535051-47539032 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003561
名称SmilChr05G003561
描述MOB kinase activator-like 1A
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47535051 - 47539032 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987062
GeneID130987062
locus_tag-
NCBI NameLOC130987062
原始查询SmilChr05G003561

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MOB kinase activator-like 1A
产物MOB kinase activator-like 1A
ArabidopsisAT5G45550 (MOB1-like)
Mob1/phocein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834591]
identity=89.9; qcov=1.01; evalue=1.41e-82; confidence=high
RiceOs03g0577200
-
identity=89.8; qcov=1; evalue=9.32e-84; confidence=high
GOGO:0001934 (positive regulation of protein phosphorylation); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007165 (signal transduction); GO:0030295 (protein kinase activator activity)
KEGGsmil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03637 (Mob1_phocein)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987062

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766616.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766617.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057766616.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057766616.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766617.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47537974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B35,B46,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766616.1
214 aa
N
1
107
214
Mob1_phocein
C
PF03637 Mob1_phocein 34-204 aa
XP_057766617.1
128 aa
N
1
64
128
Mob1_phocein
C
PF03637 Mob1_phocein 1-118 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766616.1 Pfam PF03637 Mob1_phocein Family 34 204 8.7e-83 277.2 Mob1/phocein family
XP_057766617.1 Pfam PF03637 Mob1_phocein Family 1 118 4.7e-52 177.2 Mob1/phocein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910633.1
TAAATTACAGCGAAGCCCCTGCCACTGTTTCTGTGAGATGCGACTCAGTGCTCGCCAGCTTTTTCCGATACTTCCATTAATTTCACACACACACATATATACGCGCGCACCGCACACATACACATTCATTGTGACATTATTCAATAATCTTCACTCTCCTTCACGCTCTCTCTATCTCAAAAGCCATGAGTCTCTTTGGCCTTGGCAGAAACCAAAGAACATTTCGCCCCAAAAAAAGTGCACCATCAGGGAGTAAGGGG...
XM_057910634.1
GGGGCACAGCTGAGACAGCATATTGATGCCACTTTAGGTAGTGGAAACTTGAGAGAAGCTGTAAGGTTACCGCCTGGGGAAGACTTCAATGAATGGCTTGCTGTCAACAGTATGAGTACAGATGGGCTGATGGTGTGCAAATTAAGAAACCTATCGAAGTTTCAGCTCCTAAATATGTTGAGTATTTGATGGACTGGATTGAGAGCCAGTTAGATGATGAATCCTTATTTCCTCAAAAGCTAGGTGCACCATTTCCTTCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987062
ATGAGTCTCTTTGGCCTTGGCAGAAACCAAAGAACATTTCGCCCCAAAAAAAGTGCACCATCAGGGAGTAAGGGGGCACAGCTGAGACAGCATATTGATGCCACTTTAGGTAGTGGAAACTTGAGAGAAGCTGTAAGGTTACCGCCTGGGGAAGACTTCAATGAATGGCTTGCTGTCAACACTGTGGATTTCTTCAACCAGGTGAATCTGCTTTATGGCACTCTCACTGAGTTCTGTACTCCTGAGAACTGCCCTACCAT...
LOC130987062
ATGGCTTGCTGTCAACAGTATGAGTACAGATGGGCTGATGGTGTGCAAATTAAGAAACCTATCGAAGTTTCAGCTCCTAAATATGTTGAGTATTTGATGGACTGGATTGAGAGCCAGTTAGATGATGAATCCTTATTTCCTCAAAAGCTAGGTGCACCATTTCCTTCAAATTTTAAAGATGTTGTAAAGACCATATTCAAGCGTCTCTTCCGAGTATATGCGCATATATATCACTCTCATTTTCAGAAGATTGTGAGTCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766616.1
MSLFGLGRNQRTFRPKKSAPSGSKGAQLRQHIDATLGSGNLREAVRLPPGEDFNEWLAVNTVDFFNQVNLLYGTLTEFCTPENCPTMSAGPKYEYRWADGVQIKKPIEVSAPKYVEYLMDWIESQLDDESLFPQKLGAPFPSNFKDVVKTIFKRLFRVYAHIYHSHFQKIVSLKEEAHLNTCFKHFILFTCEFNLIDKKELAPLQELIESIVPY
XP_057766617.1
MACCQQYEYRWADGVQIKKPIEVSAPKYVEYLMDWIESQLDDESLFPQKLGAPFPSNFKDVVKTIFKRLFRVYAHIYHSHFQKIVSLKEEAHLNTCFKHFILFTCEFNLIDKKELAPLQELIESIVPY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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