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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003562

染色体: Chr05 坐标: 47551798-47555975 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003562
名称SmilChr05G003562
描述growth-regulating factor 4-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47551798 - 47555975 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987063
GeneID130987063
locus_tag-
NCBI NameLOC130987063
原始查询SmilChr05G003562

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述growth-regulating factor 4-like
产物growth-regulating factor 4-like
ArabidopsisAT3G13960 (GRF5)
growth-regulating factor 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820609]
identity=63.6; qcov=0.332; evalue=4.86e-45; confidence=low
RiceOs04g0600900 (GRF3)
-
identity=39.7; qcov=1.12; evalue=3.28e-76; confidence=medium
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0032502 (developmental process)
KEGG-
PfamPF08879 (WRC); PF08880 (QLQ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987063

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766618.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766618.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766618.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766618.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057766618.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47552631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr5:47552670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C77
Chr5:47553632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C47
Chr5:47553636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C18,C29,C72,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766618.1
332 aa
N
1
166
332
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766619.1
332 aa
N
1
166
332
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766620.1
332 aa
N
1
166
332
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766621.1
332 aa
N
1
166
332
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766622.1
332 aa
N
1
166
332
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766623.1
331 aa
N
1
166
331
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766624.1
331 aa
N
1
166
331
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766625.1
331 aa
N
1
166
331
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766626.1
331 aa
N
1
166
331
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
XP_057766627.1
331 aa
N
1
166
331
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 25-59 aa PF08879 WRC 87-129 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766618.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766618.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766619.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766619.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766620.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766620.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766621.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766621.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766622.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766622.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766623.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766623.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766624.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766624.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766625.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766625.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766626.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766626.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766627.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 25 59 1.5e-15 57.3 QLQ
XP_057766627.1 Pfam PF08879 WRC Domain 87 129 5.4e-21 74.7 WRC

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

13 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089562.1
AGTATCGTAGAGTATAATTTTATTTTGATAAAGCAAAAGGCAAAGTGTATTTGAGTTAGTTTTGATGTTTGATGATTTCTCAAACCAAAACGACAAAGGTTGCCAGTTGCCCAGTGTTTGTCATCATACGGTAGCAAGAATTTAAACTAGCAGTGGACCACCGCCACCGCACCACCACCACGGCCACCCCAACCCCACCCAATCGCAGATTCCTTACTGTTGCTGTATTCGATCGGTTGAAATAGGGAAAAAAATTATAG...
XR_009089560.1
TATCGTAGAGTATAATTTTATTTTGATAAAGCAAAAGGCAAAGTGTATTTGAGTTAGTTTTGATGTTTGATGATTTCTCAAACCAAAACGACAAAGGTTGCCAGTTGCCCAGTGTTTGTCATCATACGGTAGCAAGAATTTAAACTAGCAGTGGACCACCGCCACCGCACCACCACCACGGCCACCCCAACCCCACCCAATCGCAGGTTGCCCCCCTCTCGCTCTCATATCTGCTTCCCCCTTCTCTCATTTATTTTCCC...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC130987063
ATGAGTGAGAAAGCGCCAATCACGGTGGTGGGAATAGGGGCGGAGCTGGGGTATGGGGGGTATAGGGCACCGCCATTCACCGATGTGCAGTGGAAGGAGCTGGAGCAGCAAGCCATGATATACAAGTATATGGTGGCTGGCCTGCCGGTGCCACCAGACCTCGTTACGCCCATTCGTCACAGCTTCGAGGGACTCTACGCCCATCTCTTCAACCATCCTGCCTTGGGCTATTGTTCCTACTATGGCAAGAAGTTTGATCC...
LOC130987063
ATGAGTGAGAAAGCGCCAATCACGGTGGTGGGAATAGGGGCGGAGCTGGGGTATGGGGGGTATAGGGCACCGCCATTCACCGATGTGCAGTGGAAGGAGCTGGAGCAGCAAGCCATGATATACAAGTATATGGTGGCTGGCCTGCCGGTGCCACCAGACCTCGTTACGCCCATTCGTCACAGCTTCGAGGGACTCTACGCCCATCTCTTCAACCATCCTGCCTTGGGCTATTGTTCCTACTATGGCAAGAAGTTTGATCC...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057766618.1
MSEKAPITVVGIGAELGYGGYRAPPFTDVQWKELEQQAMIYKYMVAGLPVPPDLVTPIRHSFEGLYAHLFNHPALGYCSYYGKKFDPEPGRCRRTDGKKWRCSKDAHPDSKYCERHMHRGRNRSRKPVESQSTSQSVLTAVPHSSTGGGINRGSSQQMPLYSGANADVSSVASNATKLQMGPISYGIGSSREFSFSQEGSGRVGTLGLGPSAGSGTWGLMPSQVSSNSLFKQGSDSRILGSSSAQQYTPHAYEPVSSKQQ...
XP_057766619.1
MSEKAPITVVGIGAELGYGGYRAPPFTDVQWKELEQQAMIYKYMVAGLPVPPDLVTPIRHSFEGLYAHLFNHPALGYCSYYGKKFDPEPGRCRRTDGKKWRCSKDAHPDSKYCERHMHRGRNRSRKPVESQSTSQSVLTAVPHSSTGGGINRGSSQQMPLYSGANADVSSVASNATKLQMGPISYGIGSSREFSFSQEGSGRVGTLGLGPSAGSGTWGLMPSQVSSNSLFKQGSDSRILGSSSAQQYTPHAYEPVSSKQQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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