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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003563

染色体: Chr05 坐标: 47562970-47563805 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003563
名称SmilChr05G003563
描述membrane-bound O-acyltransferase gup1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47562970 - 47563805 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026038
GeneID131026038
locus_tag-
NCBI NameLOC131026038
原始查询SmilChr05G003563

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane-bound O-acyltransferase gup1-like
产物membrane-bound O-acyltransferase gup1-like
ArabidopsisAT1G57600 (AT1G57600)
MBOAT (membrane bound O-acyl transferase) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842136]
identity=65.9; qcov=1; evalue=1.44e-37; confidence=medium
RiceOs05g0144000
-
identity=60.4; qcov=1; evalue=6.11e-33; confidence=medium
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016746 (acyltransferase activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026038

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057811796.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057811796.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811796.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811796.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811796.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47563003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B66
Chr5:47563013 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B53,C60,D2
Chr5:47563016 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 5 A11,B54,B70,B94,D6
Chr5:47563016 CT C 1bp_deletion CDS_variant 5 A11,B54,B70,B94,D6
Chr5:47563061 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B87,D1
Chr5:47563061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B87,D1
Chr5:47563544 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C33
Chr5:47563556 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B64,B92
Chr5:47563556 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,B92
Chr5:47563594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:47563726 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D6
Chr5:47563726 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955813.1
CAAGTTCTCATTTCCCATATACTTGTGCTATATGGTTTATGCTCCTCTTTACATTGTTGGACCAATCATTAGCTTCAATGCATTTGCCTCGCAGTTGGATTCTCCCCAGAACATATACTCATCCCGAGATATTGCTTGGTATGGATTCCGATGGGTTTTTTGTCTTTCACTAATGGAAGTCATGACACAGTTCTTTTACTATAATGCCTTTGCTATTAGTGGTTTGTGGAAACAATTGTCTCCAATGGACATCTTTATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026038
ATGGTTTATGCTCCTCTTTACATTGTTGGACCAATCATTAGCTTCAATGCATTTGCCTCGCAGTTGGATTCTCCCCAGAACATATACTCATCCCGAGATATTGCTTGGTATGGATTCCGATGGGTTTTTTGTCTTTCACTAATGGAAGTCATGACACAGTTCTTTTACTATAATGCCTTTGCTATTAGTGGTTTGTGGAAACAATTGTCTCCAATGGACATCTTTATCATTGGATATGGTGTAAGTTCTGCTCTTAATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811796.1
MVYAPLYIVGPIISFNAFASQLDSPQNIYSSRDIAWYGFRWVFCLSLMEVMTQFFYYNAFAISGLWKQLSPMDIFIIGYGVSSALNMLWFS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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