Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003565

染色体: Chr05 坐标: 47595818-47596880 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003565
名称SmilChr05G003565
描述uncharacterized SmilChr05G003565
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47595818 - 47596880 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987065
GeneID130987065
locus_tag-
NCBI NameLOC130987065
原始查询SmilChr05G003565

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987065

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766629.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057766629.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057766629.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057766629.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766629.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47596344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B55,B98,C32,C68
Chr5:47596348 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A1,B35,C45
Chr5:47596350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,C11,C66,C69
Chr5:47596351 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,B37
Chr5:47596359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B126,B138,B70,C60
Chr5:47596398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B69
Chr5:47596405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,B93
Chr5:47596411 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B129,B91,C36,C6
Chr5:47596438 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 8 B16,B33,B69,B73,B95,C46,C67,C9
Chr5:47596487 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr5:47596592 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 24 A10,A11,A8,B122,B124,B133,B33,B35,B44,B53,B55,B66,B71,B87,B93,C22,C43,C53,C57,C62,C68,C80,C9,D4
Chr5:47596596 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,B93,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910646.1
GGAACCCACAGAGTATGTGCATGAATGCTACTCTGTGGAGAAATACTTGAAGGCTTATGCATATGGCTTAGAGCCTATCAATGGGGAAAAAATGTGGCCAAAGGGTGTTGGTTATCCAGTGCAACCTCCATTGATTAGGGCTATGCCAGGAAGACCAAAAAAGAAGAGGAGAAGAGATGTAGATGAGAGGGATCCAAACAACAACACAAGGCTGAAAAGAATTGGGATTAGGATGACATGTCAAAACTGCCTTCAAGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987065
ATGAATGAAGACACTGCTCCAACTCCTACCTCAACTGATCCTGCTTCTACTGGTCCAGCCCCCACCTTACATTCAACAACACATGCAAATGCTTCCACAAGCACAATCATGAAAGAAAGAAACACGGCCTTAAAAGGACTTGGGGTATATGTTGCTCAAGGGACAGGGAACATATATGTCAATATGTCTTCAAGGAGTGCCCGAGGAACTTTCGTGCCACCCCGTCCCAACACAAGGTCTACAACCAGTGGAAGCCAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766629.1
MNEDTAPTPTSTDPASTGPAPTLHSTTHANASTSTIMKERNTALKGLGVYVAQGTGNIYVNMSSRSARGTFVPPRPNTRSTTSGSQASGVGSSNTQSAPTAPTGSAPTQESQGT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器