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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003566

染色体: Chr05 坐标: 47605161-47608309 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003566
名称SmilChr05G003566
描述growth-regulating factor 4-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47605161 - 47608309 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987066
GeneID130987066
locus_tag-
NCBI NameLOC130987066
原始查询SmilChr05G003566

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述growth-regulating factor 4-like
产物growth-regulating factor 4-like
ArabidopsisAT4G37740 (GRF2)
growth-regulating factor 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829930]
identity=47.3; qcov=0.421; evalue=2.03e-24; confidence=low
RiceOs04g0600900 (GRF3)
-
identity=39.1; qcov=1.09; evalue=3.76e-46; confidence=medium
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0032502 (developmental process)
KEGG-
PfamPF08879 (WRC); PF08880 (QLQ)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987066

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766630.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766630.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766630.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766630.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057766630.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47606079 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:47606084 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr5:47606207 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C3,C8
Chr5:47606961 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:47607798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C87
Chr5:47607891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766630.1
335 aa
N
1
168
335
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 24-56 aa PF08879 WRC 86-128 aa
XP_057766631.1
335 aa
N
1
168
335
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 24-56 aa PF08879 WRC 86-128 aa
XP_057766632.1
323 aa
N
1
162
323
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 24-56 aa PF08879 WRC 86-128 aa
XP_057766633.1
323 aa
N
1
162
323
QLQ
WRC
C
PF08880 QLQ 24-56 aa PF08879 WRC 86-128 aa
XP_057766634.1
273 aa
N
1
136
273
WRC
C
PF08879 WRC 24-66 aa
XP_057766635.1
261 aa
N
1
130
261
WRC
C
PF08879 WRC 24-66 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766630.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 24 56 1.2e-13 51.2 QLQ
XP_057766630.1 Pfam PF08879 WRC Domain 86 128 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766631.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 24 56 1.2e-13 51.2 QLQ
XP_057766631.1 Pfam PF08879 WRC Domain 86 128 5.4e-21 74.7 WRC
XP_057766632.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 24 56 1.1e-13 51.3 QLQ
XP_057766632.1 Pfam PF08879 WRC Domain 86 128 5.1e-21 74.8 WRC
XP_057766633.1 Pfam PF08880 QLQ Domain 24 56 1.1e-13 51.3 QLQ
XP_057766633.1 Pfam PF08879 WRC Domain 86 128 5.1e-21 74.8 WRC
XP_057766634.1 Pfam PF08879 WRC Domain 24 66 3.9e-21 75.2 WRC
XP_057766635.1 Pfam PF08879 WRC Domain 24 66 3.7e-21 75.3 WRC

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910648.1
TATAAATTATTTAGATTTATCAGTTTGAATACTTGCGGATGTCATAGAATGCACATTCACATACTTCTTGAAAGAATTGTGTTTGAAAGAAAGCCAAAATGTATCGCAAAAAACAAAACGACAAAGATTGCCAGTTTATGTAATGTTGCCATCAAACAGTTGCAACAAGTTAAACGGCACTGGACCACCTCCTCCACCGCCGCAGCCACCTTAATTGCACCACGCCCACCACAATTCCACCCAATCCCAGATTCCTTAGG...
XM_057910649.1
ATGTCATAGAATGCACATTCACATACTTCTTGAAAGAATTGTGTTTGAAAGAAAGCCAAAATGTATCGCAAAAAACAAAACGACAAAGATTGCCAGTTTATGTAATGTTGCCATCAAACAGTTGCAACAAGTTAAACGGCACTGGACCACCTCCTCCACCGCCGCAGCCACCTTAATTGCACCACGCCCACCACAATTCCACCCAATCCCAGGTTGCCCCCTCTAATCTCAGCACCTGCTACCTTCTCTCATTTAATTCT...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130987066
ATGTTTTGCCAAACCCTAGATCTGCCCCCTGCAGTGGGCTACTGTTCCTACTATGGCAAGAAGTTTGATCCGGAGCCGGGGAGATGCCGGAGAACTGATGGGAAGAAGTGGAGGTGCTCTAAAGATGCACATCCGGACTCAAAGTATTGTGAGCGGCACATGCACCGTGGTCGCAACCGTTCAAGAAAGCCTGTGGAATCTCAATCGACATCTCCGTCCTCTACTGGGGGTGGTAATGGTATCAACCGTGGAAGCTCTCA...
LOC130987066
ATGTTTTGCCAAACCCTAGATCTGCCCCCTGCAGTGGGCTACTGTTCCTACTATGGCAAGAAGTTTGATCCGGAGCCGGGGAGATGCCGGAGAACTGATGGGAAGAAGTGGAGGTGCTCTAAAGATGCACATCCGGACTCAAAGTATTGTGAGCGGCACATGCACCGTGGTCGCAACCGTTCAAGAAAGCCTGTGGAATCTCAATCGACATCTCCGTCCTCTACTGGGGGTGGTAATGGTATCAACCGTGGAAGCTCTCA...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057766630.1
MSEKATAVVGGAELGYGGYRAAAPFTQVQLKELEQQAMIYKYLVSGLPVPPDLVRPFHHSSDGLPAHVFNHPALGYCSYYGKKFDPEPGRCRRTDGKKWRCSKDAHPDSKYCERHMHRGRNRSRKPVESQSTSPSSTGGGNGINRGSSQQMPFYSAANSRGSSVGSNATKLQIGPISYGIDSREHSFSIEASGSAGGPSAGSGTCGLMPCQVSSSSLLKQGPDSRYLGSSSAQQYMTHAFEPINASLSKQQQQGLFGSDI...
XP_057766631.1
MSEKATAVVGGAELGYGGYRAAAPFTQVQLKELEQQAMIYKYLVSGLPVPPDLVRPFHHSSDGLPAHVFNHPALGYCSYYGKKFDPEPGRCRRTDGKKWRCSKDAHPDSKYCERHMHRGRNRSRKPVESQSTSPSSTGGGNGINRGSSQQMPFYSAANSRGSSVGSNATKLQIGPISYGIDSREHSFSIEASGSAGGPSAGSGTCGLMPCQVSSSSLLKQGPDSRYLGSSSAQQYMTHAFEPINASLSKQQQQGLFGSDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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