当前解析结果
SmilChr05G003569| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003569 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003569 |
| 描述 | F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 47643780 - 47645579 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987067 |
|---|---|
| GeneID | 130987067 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987067 |
| 原始查询 | SmilChr05G003569 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like |
| 产物 | F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like |
| Arabidopsis | AT3G06240 (AT3G06240)F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819798] identity=23.8; qcov=0.826; evalue=2.21e-08; confidence=weak |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07734 (FBA_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987067 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057766636.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057766636.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766636.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766636.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766636.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:47644115 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B48,B98,C61 |
Chr5:47644152 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr5:47644153 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C35 |
Chr5:47644153 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr5:47644323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,B77 |
Chr5:47644513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr5:47644560 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 24 | A2,A21,A7,B10,B125,B13,B139,B34,B42,B43,B47,B51,B58,B65,B75,C13,C5,C56,C65,C76,C83,D10,D6,D7 |
Chr5:47644563 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr5:47644605 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B81 |
Chr5:47644644 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,A3 |
Chr5:47644648 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B118 |
Chr5:47644648 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B118 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766636.1PF07734
FBA_1 46-320 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766636.1 |
Pfam | PF07734 |
FBA_1 | Repeat | 46 | 320 | 2.6e-13 | 50.4 | F-box associated beta propeller domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。