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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003571

染色体: Chr05 坐标: 47678449-47679947 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003571
名称SmilChr05G003571
描述uncharacterized SmilChr05G003571
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47678449 - 47679947 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026042
GeneID131026042
locus_tag-
NCBI NameLOC131026042
原始查询SmilChr05G003571

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF07734 (FBA_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026042

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057811801.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811801.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811801.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811801.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811801.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47678713 ATT A 2bp_deletion frameshift_variant 2 A6,C4
Chr5:47678713 ATT A 2bp_deletion CDS_variant 2 A6,C4
Chr5:47678714 TTA * 2bp_deletion CDS_variant 2 A6,C4
Chr5:47678726 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 12 A25,A4,B127,B50,B56,B70,B9,C41,C5,C58,C87,D2
Chr5:47678983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:47679045 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:47679061 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 27 A18,A20,A8,B122,B125,B131,B132,B133,B139,B34,B36,B42,B53,B58,B61,B63,B64,B79,B84,B96,B99,C21,C5,C50,C64,C71,D8
Chr5:47679083 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 4 A18,C1,C76,D4
Chr5:47679083 GC G 1bp_deletion CDS_variant 4 A18,C1,C76,D4
Chr5:47679118 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 97 A13,A15,A16,A18,A24,A8,A9,B1,B102,B103,B105,B106,B107,B110,B114,B118,B120,B121,B129,B132,B135,B15,B16,B19,B23,B25,B26,B27,B3,B30,B31,B32,B38,B39,B45,B49,B5,B50,B55,B59,B6,B61,B62,B63,B65,B7,B73,B77,B78,B8,B84,B85,B86,B89,B93,B95,B97,C10,C11,C17,C2,C23,C27,C28,C29,C34,C36,C39,C4,C40,C45,C46,C50,C51,C52,C54,C56,C57,C59,C63,C67,C69,C7,C70,C72,C73,C74,C75,C78,C79,C81,C84,C85,D1,D5,D8,D9
Chr5:47679142 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr5:47679177 A AT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 77 A11,A15,A16,A18,A2,A20,A23,A8,B102,B108,B109,B110,B113,B117,B118,B119,B120,B122,B123,B125,B127,B129,B132,B138,B139,B16,B2,B25,B28,B34,B36,B42,B43,B51,B53,B57,B58,B61,B63,B64,B73,B74,B75,B79,B82,B84,B90,B92,B99,C1,C20,C21,C24,C3,C35,C49,C5,C50,C54,C55,C58,C64,C66,C7,C70,C71,C73,C74,C83,C84,D10,D11,D3,D4,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811801.1
375 aa
N
1
188
375
FBA_1
C
PF07734 FBA_1 61-267 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811801.1 Pfam PF07734 FBA_1 Repeat 61 267 2.5e-09 37.3 F-box associated beta propeller domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955818.1
ATGGCTGGGTTTGCTGTTGTTAGTGAAGATGAAAGAAACAAGTATCGTTTATCAGTTATGTGTCCAGTAGAGCTGTCTGTATCTGAAAATTTCAACGTTAATTCCTTTAAAAAGCATGATACAGTTCTTGGTGTCCTTACTCCGCCCAATTTCTTACCCCCTCCAAATGATGGCATTGTGACATATAGTGGTCTGGGCTATGATGCTAAATCTGGAGACTTAAAGGTGATAAGACGATATGTTCAACATTATATACGTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026042
ATGGCTGGGTTTGCTGTTGTTAGTGAAGATGAAAGAAACAAGTATCGTTTATCAGTTATGTGTCCAGTAGAGCTGTCTGTATCTGAAAATTTCAACGTTAATTCCTTTAAAAAGCATGATACAGTTCTTGGTGTCCTTACTCCGCCCAATTTCTTACCCCCTCCAAATGATGGCATTGTGACATATAGTGGTCTGGGCTATGATGCTAAATCTGGAGACTTAAAGGTGATAAGACGATATGTTCAACATTATATACGTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811801.1
MAGFAVVSEDERNKYRLSVMCPVELSVSENFNVNSFKKHDTVLGVLTPPNFLPPPNDGIVTYSGLGYDAKSGDLKVIRRYVQHYIRKIDETDGATGYHGCKSHTELYSSKDNEWKKIKHAVGCVAAGVGVSVEETGSCYWVVRVDPSEQKIKEYLERHSITDPSALHVLSFDFATDSFELIPLPATTIRAYFLLCKVRGSIGALAYWKSCSSELCIKAFVLEGTSWGVLCDDIPPLGDVERPLGLKDDRWLFVEAKASDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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