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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003574

染色体: Chr05 坐标: 47739892-47740701 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003574
名称SmilChr05G003574
描述uncharacterized SmilChr05G003574
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向47739892 - 47740701 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026043
GeneID131026043
locus_tag-
NCBI NameLOC131026043
原始查询SmilChr05G003574

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0225900
-
identity=28.6; qcov=1.03; evalue=5.46e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026043

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811802.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811802.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811802.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811802.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811802.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:47739985 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 A23
Chr5:47739985 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:47739999 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 22 A1,A20,A22,A8,B108,B113,B2,B4,B47,B48,B56,B70,B94,C21,C23,C24,C35,C59,C65,C73,D10,D7
Chr5:47740003 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 22 A1,A20,A22,A8,B108,B113,B2,B4,B47,B48,B56,B70,B94,C21,C23,C24,C35,C59,C65,C73,D10,D7
Chr5:47740011 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 44 A14,A16,B100,B111,B112,B120,B123,B126,B13,B131,B19,B21,B24,B38,B39,B4,B40,B44,B51,B52,B53,B58,B6,B72,B73,B86,B87,B96,C10,C12,C14,C21,C27,C29,C30,C38,C43,C45,C47,C5,C71,C73,C80,D10
Chr5:47740014 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B22,B38,B69,B9
Chr5:47740014 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B22,B38,B69,B9
Chr5:47740033 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 5 A23,B126,B2,C80,D5
Chr5:47740033 C CA 1bp_insertion CDS_variant 5 A23,B126,B2,C80,D5
Chr5:47740039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,C67,D2
Chr5:47740051 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A23,B101,B102,B28,B37,B93,C38,C86,D1
Chr5:47740055 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B28,B70,B82,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955819.1
ATGTCTAATCCTCAAATATATCCCAACAATCCCATGAGTCAATCAGCCCCTTCATTTCAATTTTCATCCCAAGTGCATCCATCTCAGGGATTTCAACCATACGGATATCCTCAACAATGGTATCCCCCTCCAGGATTTTCCCCACAAGGATATCCTTCACAGGGGTTTATGTTTTCTGACTCTTCTAGGAGGACCAGTGTAGATGGGAGTGGTACTGATGGAGGCACACCATCTTCAGGAAAGGCAGTTCAAGGTTTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026043
ATGTCTAATCCTCAAATATATCCCAACAATCCCATGAGTCAATCAGCCCCTTCATTTCAATTTTCATCCCAAGTGCATCCATCTCAGGGATTTCAACCATACGGATATCCTCAACAATGGTATCCCCCTCCAGGATTTTCCCCACAAGGATATCCTTCACAGGGGTTTATGTTTTCTGACTCTTCTAGGAGGACCAGTGTAGATGGGAGTGGTACTGATGGAGGCACACCATCTTCAGGAAAGGCAGTTCAAGGTTTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811802.1
MSNPQIYPNNPMSQSAPSFQFSSQVHPSQGFQPYGYPQQWYPPPGFSPQGYPSQGFMFSDSSRRTSVDGSGTDGGTPSSGKAVQGLENINLSVEPSSDEDEENTNMRRVFYSDADSEVLAQCYIDISIDSVVGNEQKMDKMWKRIAKAYIENRPAKSGANDADIMEMTQTKYKQHHGTKGFKYVGVWRHLKEVPKFFEVQGNVQASKRTKNTEGGAYTSSSTAEETPTSRPMGHKAAKRKEKGKRKKDDLDALREVAKEH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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