当前解析结果
SmilChr05G003574| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003574 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003574 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003574 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 47739892 - 47740701 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026043 |
|---|---|
| GeneID | 131026043 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026043 |
| 原始查询 | SmilChr05G003574 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0225900- identity=28.6; qcov=1.03; evalue=5.46e-15; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026043 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811802.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811802.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811802.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811802.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057811802.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:47739985 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | A23 |
Chr5:47739985 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr5:47739999 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 22 | A1,A20,A22,A8,B108,B113,B2,B4,B47,B48,B56,B70,B94,C21,C23,C24,C35,C59,C65,C73,D10,D7 |
Chr5:47740003 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 22 | A1,A20,A22,A8,B108,B113,B2,B4,B47,B48,B56,B70,B94,C21,C23,C24,C35,C59,C65,C73,D10,D7 |
Chr5:47740011 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 44 | A14,A16,B100,B111,B112,B120,B123,B126,B13,B131,B19,B21,B24,B38,B39,B4,B40,B44,B51,B52,B53,B58,B6,B72,B73,B86,B87,B96,C10,C12,C14,C21,C27,C29,C30,C38,C43,C45,C47,C5,C71,C73,C80,D10 |
Chr5:47740014 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B22,B38,B69,B9 |
Chr5:47740014 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B22,B38,B69,B9 |
Chr5:47740033 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 5 | A23,B126,B2,C80,D5 |
Chr5:47740033 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 5 | A23,B126,B2,C80,D5 |
Chr5:47740039 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B127,C67,D2 |
Chr5:47740051 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | A23,B101,B102,B28,B37,B93,C38,C86,D1 |
Chr5:47740055 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B28,B70,B82,C78 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。