当前解析结果
SmilChr05G003575| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003575 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003575 |
| 描述 | beta-galactosidase 5-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 47744310 - 47745000 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026044 |
|---|---|
| GeneID | 131026044 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026044 |
| 原始查询 | SmilChr05G003575 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | beta-galactosidase 5-like |
| 产物 | beta-galactosidase 5-like |
| Arabidopsis | AT4G36360 (BGAL3)beta-galactosidase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829788] identity=57.8; qcov=0.978; evalue=2.82e-74; confidence=high |
| Rice | Os03g0165400 (OsBgal1)- identity=66.8; qcov=0.984; evalue=8.59e-89; confidence=high |
| GO | GO:0004565 (beta-galactosidase activity); GO:0005618 (cell wall); GO:0005773 (vacuole); GO:0005975 (carbohydrate metabolic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF21467 (BetaGal_gal-bd) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026044 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057811803.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811803.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811803.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811803.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811803.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:47744341 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B22,B33,B69,B9 |
Chr5:47744398 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr5:47744405 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | C86 |
Chr5:47744405 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C86 |
Chr5:47744414 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B28,B93 |
Chr5:47744418 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B1,B104,B2,B37,D11 |
Chr5:47744483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B22,B33,B69,B9 |
Chr5:47744539 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr5:47744570 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,A3,B35 |
Chr5:47744591 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 17 | A18,B120,B22,B34,B60,B8,B82,B83,B85,B91,C10,C15,C18,C30,C42,C52,C84 |
Chr5:47744595 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 9 | A1,B100,B133,B4,B64,B72,C24,C3,D11 |
Chr5:47744687 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 5 | A20,A3,B54,B87,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811803.1PF21467
BetaGal_gal-bd 12-96 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811803.1 |
Pfam | PF21467 |
BetaGal_gal-bd | Domain | 12 | 96 | 1.2e-26 | 93.4 | Beta-galactosidase, galactose-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。