Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003586`

染色体: Chr05 坐标: 47913562-47919109 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003586`
名称	SmilChr05G003586
描述	protein Brevis radix-like 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	47913562 - 47919109 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987083`
GeneID	`130987083`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987083`
原始查询	`SmilChr05G003586`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein Brevis radix-like 1
产物	protein Brevis radix-like 1
Arabidopsis	`AT1G31880` (BRX) DZC (Disease resistance/zinc finger/chromosome condensation-like region) domain containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840078] identity=57.1; qcov=1.07; evalue=3.19e-125; confidence=high
Rice	`Os04g0600500` (OsBRXL3) - identity=43.1; qcov=1.28; evalue=3.92e-85; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF08381 (BRX); PF13713 (BRX_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987083

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057766660.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057766660.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057766660.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057766660.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766660.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:47917750`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,C62,C82
`Chr5:47917908`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B128,B61,C43,C49
`Chr5:47917915`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:47918029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr5:47918057`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr5:47918063`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,A9,B119
`Chr5:47918406`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B28,C82,D1,D11
`Chr5:47918465`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766660.1

334 aa

167

334

BRX_N

BRX

PF13713 BRX_N 22-45 aa PF08381 BRX 130-184 aa PF08381 BRX 278-332 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766660.1`	Pfam	`PF13713`	BRX_N	Domain	22	45	1.3e-09	38.3	Transcription factor BRX N-terminal domain
`XP_057766660.1`	Pfam	`PF08381`	BRX	Domain	130	184	1.6e-52	175.4	Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3
`XP_057766660.1`	Pfam	`PF08381`	BRX	Domain	278	332	1.6e-52	175.4	Transcription factor regulating root and shoot growth via Pin3

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910677.1
ATATCCGTTAGATAACGACGTGAGATGACGGCGTCACATCCTTTCTATATATATCACCACCCAACCTCAATCTCCCCTCTCTTTCCTTGTCTCCTCCCTTCCCCGTTTTCTCCCATTTATAAATTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCATGCAGCTGCATATTTGCTTATACGCAGAGGAGAGATCGGAATCCAACGATCAGAAACTTACCCAGCTTTGAAGAAATATAACTGCGAAACAGCCGGCAACCATATATATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987083
ATGTTAACATGTATTACTTGCTCGAAGCAAAGAGTCGAAGATGAAGAAGATGCCCCGCGTGGGACTCCCAATACAAAAGACGCCGTCAAAAGCCTCACCACCCAGATCAAGGATATGGCACTAAAGGCGACGGGAACAAGCAAAGGAAAACCAGGTGGGAACTTCAAGGTTGGTCAAAGGTCATATCCCGAATTCGAAACATCATCAGAAGGAGTCCCCTATCCCTACTTCCAACCGGGGAGCTCCAGCACCACCCCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766660.1
MLTCITCSKQRVEDEEDAPRGTPNTKDAVKSLTTQIKDMALKATGTSKGKPGGNFKVGQRSYPEFETSSEGVPYPYFQPGSSSTTPAWHFMNAAAPRDSAYTAFGGDDMTPNRISSRFDDMGLGEEDGPKEWMAQVEPGVQITFVSLPRGGNDLKRIRFSREMFDKSQAQRWWSENFDRIMELYNVQKFNQQALNNTPGRSECGRDSSYSRLGSVRESPRMTSSSINREWQPRYSNYYNVGGGGGGGPSTYPMEASRDTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器