Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003593

染色体: Chr05 坐标: 48025063-48028486 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003593
名称SmilChr05G003593
描述protein CYCLOPS-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向48025063 - 48028486 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987088
GeneID130987088
locus_tag-
NCBI NameLOC130987088
原始查询SmilChr05G003593

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein CYCLOPS-like
产物protein CYCLOPS-like
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0115600 (CYCLOPS)
-
identity=50.5; qcov=1.03; evalue=5.5e-149; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0036377 (arbuscular mycorrhizal association); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987088

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766681.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766681.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766681.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766681.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057766681.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:48025496 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C25
Chr5:48026121 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C24,C3
Chr5:48026122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,C64,C66
Chr5:48026483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:48026485 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 D6
Chr5:48026485 T TAA 2bp_insertion CDS_variant 1 D6
Chr5:48026787 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr5:48026917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr5:48028084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,C64,C66,C80,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910698.1
AGGGCTCTTTCATTGCATTTTTTGTTACTCTTTATCAACAGTTTTTCTTGATCATGTAAAGAGGCTACTGATTGGTTGCTTCACCATAAAAGTCACAATTTTTTTCTTGAGATCTGAAGTTGGATTTGATAAGAAAAAGGCTGTATACATACCAAGTTTTGTGTGGGAGGGAAAGATGAAGTATGTAATGGCTTTTAATTTCCTAAGTTGAAAAACTGCAAAAGTGGAGAGTTATGAGCTCCTTATGATTTGGAGCTGAT...
XM_057910699.1
AGGGCTCTTTCATTGCATTTTTTGTTACTCTTTATCAACAGTTTTTCTTGATCATGTAAAGAGGCTACTGATTGGTTGCTTCACCATAAAAGTCACAATTTTTTTCTTGAGATCTGAAGTTGGATTTGATAAGAAAAAGGCTGTATACATACCAAGTTTTGTGTGGGAGGGAAAGATGAAGTATGTAATGGCTTTTAATTTCCTAAGTTGAAAAACTGCAAAAGTGGAGAGTTATGAGCTCCTTATGATTTGGAGCTGAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987088
ATGGAGGGGAGAGGCTACTCAGAGTTTTACAGGAACACGAGCGAAGAGCTGTTCATAAAGACGATGATGGAGAGCCCCGTTGGAATACCAGCTCCAACAATGGAGATGTTGGGATTCAAGAACCTCACGCAGAATTTTCGAACAGACAGCGAGGAGCTCTTCAAGAGCTGGCTCACAAATGGAGAGAATAGTGGTTGCCATTCAGCAGGCGTCGGGCATCGTCCTCGACAAGCATCAAGAAGGATCTCCACAGAACTAGC...
LOC130987088
ATGGAGGGGAGAGGCTACTCAGAGTTTTACAGGAACACGAGCGAAGAGCTGTTCATAAAGACGATGATGGAGAGCCCCGTTGGAATACCAGCTCCAACAATGGAGATGTTGGGATTCAAGAACCTCACGCAGAATTTTCGAACAGACAGCGAGGAGCTCTTCAAGAGCTGGCTCACAAATGGAGAGAATAGTGGTTGCCATTCAGCAGGCGTCGGGCATCGTCCTCGACAAGCATCAAGAAGGATCTCCACAGAACTAGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766681.1
MEGRGYSEFYRNTSEELFIKTMMESPVGIPAPTMEMLGFKNLTQNFRTDSEELFKSWLTNGENSGCHSAGVGHRPRQASRRISTELAGLSNQNAAAMQKKVNDDTFPQTSYVAADSSSDLESTRTGVEKGVQASNLFLAKAWFHSSQPMTRSRSSELRRRYVAMQNSQTPIGIEAMMQQELTQQANGFNNMSTIYENPNHHFNASSSFMSPSNSSSSTFNNPQGGNVDKISSVVSMLKGTLERKKLNNQVEGEAVHHDTY...
XP_057766682.1
MEGRGYSEFYRNTSEELFIKTMMESPVGIPAPTMEMLGFKNLTQNFRTDSEELFKSWLTNGENSGCHSAGVGHRPRQASRRISTELAGLSNQNAAAMQKKVNDDTFPQTSYVAADSSSDLESTRTGVEKGVQASNLFLAKAWFHSSQPMTRSRSSELRRRYVAMQNSQTPIGIEAMMQQELTQQANGFNNMSTIYENPNHHFNASSSFMSPSNSSSSTFNNPQGGNVDKISSVVSMLKGTLERKKLNNQVEGEAVHHDTY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器