Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003601

染色体: Chr05 坐标: 48093861-48097203 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003601
名称SmilChr05G003601
描述anamorsin homolog
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向48093861 - 48097203 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987094
GeneID130987094
locus_tag-
NCBI NameLOC130987094
原始查询SmilChr05G003601

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述anamorsin homolog
产物anamorsin homolog
ArabidopsisAT5G18400 (AT5G18400)
Cytokine-induced anti-apoptosis inhibitor 1, Fe-S biosi [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831958]
identity=55; qcov=1.06; evalue=1.03e-81; confidence=high
RiceOs04g0674400
-
identity=53.2; qcov=1.03; evalue=2.62e-87; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0016226 (iron-sulfur cluster assembly); GO:0051536 (iron-sulfur cluster binding)
KEGG-
PfamPF05093 (CIAPIN1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987094

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766687.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766687.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766687.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766687.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766687.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:48094271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:48094285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr5:48095116 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr5:48095823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr5:48095839 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B107,D9
Chr5:48095839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766687.1
272 aa
N
1
136
272
CIAPIN1
C
PF05093 CIAPIN1 210-246 aa
XP_057766688.1
257 aa
N
1
128
257
CIAPIN1
C
PF05093 CIAPIN1 211-248 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766687.1 Pfam PF05093 CIAPIN1 Domain 210 246 3.3e-16 60.3 Cytokine-induced anti-apoptosis inhibitor 1, Fe-S biogenesis
XP_057766688.1 Pfam PF05093 CIAPIN1 Domain 211 248 3.8e-17 63.3 Cytokine-induced anti-apoptosis inhibitor 1, Fe-S biogenesis

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910704.1
AGAAGTCCCAAAAATATTTAATTTAAATACAGCCGGCAAATCATTTTCTTTTCTTCACTACAAATTTCGGTTGCCCTTTCCCTTTGAGAAATTCCGGTGATAATCCCTTTTTCCAGCTTCCGGTGATTGCTGCTCGAAGTCGTTTTCCGGGGAACGAAAATGGGGCAGGATAAATTGTTGGTGATCACGGATCAAGTAGCTGTGTCGATATCCGCAGTTTCCGATGCTATTAAGAAGCTAAGGAAGGAAGATGTTGTAAA...
XM_057910705.1
AAAATATTTAATTTAAATACAGCCGGCAAATCATTTTCTTTTCTTCACTACAAATTTCGGTTGCCCTTTCCCTTTGAGAAATTCCGGTGATAATCCCTTTTTCCAGCTTCCGGTGATTGCTGCTCGAAGTCGTTTTCCGGGGAACGAAAATGGGGCAGGATAAATTGTTGGTGATCACGGATCAAGTAGCTGTGTCGATATCCGCAGTTTCCGATGCTATTAAGAAGCTAAGGAAGGAAGATGTTGTAAAGCTGGATCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987094
ATGGGGCAGGATAAATTGTTGGTGATCACGGATCAAGTAGCTGTGTCGATATCCGCAGTTTCCGATGCTATTAAGAAGCTAAGGAAGGAAGATGTTGTAAAGCTGGATCCTCTAATCATCACTCAAGCTACCTCAGACAGTTTAACGTCACTGGAATCTTCATCTATAGATGATGTTGTTTCTCTCTGTAAAACATTGGAGTTTCCCAGTGATCAGTTGCTCAGAAATATCTCAAGAGTTTTAAAACCTGCTGGAGCTGT...
LOC130987094
ATGGGGCAGGATAAATTGTTGGTGATCACGGATCAAGTAGCTGTGTCGATATCCGCAGTTTCCGATGCTATTAAGAAGCTAAGGAAGGAAGATGTTGTAAAGCTGGATCCTCTAATCATCACTCAAGCTACCTCAGACAGTTTAACGTCACTGGAATCTTCATCTATAGATGATGTTGTTTCTCTCTGTAAAACATTGGAGTTTCCCAGTGATCAGTTGCTCAGAAATATCTCAAGAGTTTTAAAACCTGCTGGAGCTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766687.1
MGQDKLLVITDQVAVSISAVSDAIKKLRKEDVVKLDPLIITQATSDSLTSLESSSIDDVVSLCKTLEFPSDQLLRNISRVLKPAGAVLFYLASQTAGEQMKNASLERELFLAGFLDIHRESFGVKCKKPSWKIGSSFALKKTSQVLPKVQINDDEDLIDEDSLLTEEDLKKPQLPSGDCEVGITRKACKNCSCGRAEEEEKVKLGLTMDQINNPESACGNCGLGDAFRCSTCPYKGLPKFKLGEKVCAAPSLENIPAFLC...
XP_057766688.1
MGQDKLLVITDQVAVSISAVSDAIKKLRKEDVVKLDPLIITQATSDSLTSLESSSIDDVVSLCKTLEFPSDQLLRNISRVLKPAGAVLFYLASQTAGEQMKNASLERELFLAGFLDIHRESFGVKCKKPSWKIGSSFALKKTSQVLPKVQINDDEDLIDEDSLLTEEDLKKPQLPSGDCEVGITRKACKNCSCGRAEEEEKVKLGLTMDQINNPESACGNCGLGDAFRCSTCPYKGLPKFKLGEKVALSGNFLASDI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器