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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003625

染色体: Chr05 坐标: 48531636-48533702 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003625
名称SmilChr05G003625
描述probable carotenoid cleavage dioxygenase 4, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向48531636 - 48533702 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987114
GeneID130987114
locus_tag-
NCBI NameLOC130987114
原始查询SmilChr05G003625

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable carotenoid cleavage dioxygenase 4, chloroplastic
产物probable carotenoid cleavage dioxygenase 4%2C chloroplastic
ArabidopsisAT4G19170 (NCED4)
nine-cis-epoxycarotenoid dioxygenase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827655]
identity=54.6; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0704000 (OsNCED1)
-
identity=52.7; qcov=0.906; evalue=1.08e-180; confidence=high
GOGO:0009570 (chloroplast stroma); GO:0010436 (carotenoid dioxygenase activity); GO:0016121 (carotene catabolic process)
KEGGsmil00906 (Carotenoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03055 (RPE65)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987114

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057766718.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 1.00000 XP_057766718.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766718.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766718.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766718.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:48531873 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B37,C38
Chr5:48531940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C59
Chr5:48531967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B48
Chr5:48532046 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B64
Chr5:48532069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C1
Chr5:48532075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C1
Chr5:48532081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B136,C1
Chr5:48532102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A22,B133
Chr5:48532104 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 22 B1,B115,B121,B123,B125,B135,B136,B23,B25,B29,B37,B68,B83,B84,B86,C1,C27,C37,C41,C49,C56,C73
Chr5:48532108 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 22 B1,B115,B121,B123,B125,B135,B136,B23,B25,B29,B37,B68,B83,B84,B86,C1,C27,C37,C41,C49,C56,C73
Chr5:48532316 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 C5,C77
Chr5:48532316 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 C5,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766718.1
572 aa
N
1
286
572
RPE65
C
PF03055 RPE65 98-565 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766718.1 Pfam PF03055 RPE65 Repeat 98 565 4.1e-109 366.4 Retinal pigment epithelial membrane protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910735.1
ACTCAATGCATCGACCTTAAATATGGAAACCCTATATTCCTCTTTCCTCCCAAAACAAAACACTTCATCATTTAGAATCCACCACCAAAATAGCAACCCTAAACCTAAGATCAAAGCAAACTCTTCTCTTACAACTTTTCATCCCACAAAAGCAAATCCACCCTCCAAAAAATTAATCCTACAAAAGAGAAGAAACCAATCCTTTGTTGCAACCATCCTCAACAAGCTAGACGACTTGATATGCAACTTCCTAGACTTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987114
ATGGAAACCCTATATTCCTCTTTCCTCCCAAAACAAAACACTTCATCATTTAGAATCCACCACCAAAATAGCAACCCTAAACCTAAGATCAAAGCAAACTCTTCTCTTACAACTTTTCATCCCACAAAAGCAAATCCACCCTCCAAAAAATTAATCCTACAAAAGAGAAGAAACCAATCCTTTGTTGCAACCATCCTCAACAAGCTAGACGACTTGATATGCAACTTCCTAGACTTACCCCTCCGCCCCTCCATCGATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766718.1
METLYSSFLPKQNTSSFRIHHQNSNPKPKIKANSSLTTFHPTKANPPSKKLILQKRRNQSFVATILNKLDDLICNFLDLPLRPSIDPKHVLAGGLAPVDELSPTACTVVEGSLPPCLDGAYIRNGPNPQFIPNGPYHFLDGDGMLHLIKISQGKVTFCCRYVSTHKHAAERDAGYPFVPSVFSSFNGAVASAARAALLAARVLTGQFDPINHGFGAANTSLALISGRLYALCESDLPYAVDITADGDIKTLGRHDFGATD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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