Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003635`

染色体: Chr05 坐标: 48730138-48733094 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003635`
名称	SmilChr05G003635
描述	uncharacterized SmilChr05G003635
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	48730138 - 48733094 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026062`
GeneID	`131026062`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026062`
原始查询	`SmilChr05G003635`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os11g0672600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G42905` (AT5G42905) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834302] identity=34; qcov=0.15; evalue=8.08e-07; confidence=weak
Rice	`Os11g0672600` - identity=35.5; qcov=0.242; evalue=4.48e-21; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026062

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811822.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811822.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057811822.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811822.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811822.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:48730141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,A3,B138,B60,C69
`Chr5:48730153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B127,B86,C45
`Chr5:48730154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr5:48730159`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:48730165`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B28,B32,C73,D4,D5
`Chr5:48730434`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,C86,D4
`Chr5:48730437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B65,C3,C49,C66
`Chr5:48730444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr5:48730458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr5:48730507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr5:48730509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr5:48730521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	112	A10,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A6,A7,B100,B105,B108,B11,B110,B113,B115,B120,B121,B123,B130,B131,B134,B136,B137,B139,B17,B20,B23,B25,B27,B28,B29,B3,B35,B42,B43,B45,B46,B49,B50,B53,B58,B59,B61,B64,B65,B66,B69,B7,B70,B71,B74,B75,B77,B80,B82,B83,B84,B87,B89,B9,B90,B92,B97,B99,C10,C13,C14,C16,C17,C18,C2,C21,C22,C23,C25,C3,C32,C35,C37,C39,C40,C42,C43,C45,C46,C49,C5,C50,C53,C56,C57,C58,C64,C66,C68,C7,C72,C75,C77,C78,C79,C80,C81,C82,C85,D1,D3,D6,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811822.1

627 aa

314

627

RVT_1

RVT_3

PF00078 RVT_1 3-153 aa PF13456 RVT_3 416-488 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811822.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	3	153	9.8e-16	58.9	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057811822.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	416	488	1.7e-11	44.9	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955839.1
ATGGCTTGTAAGATTGACGTCACGAAAGCTTTTGACACTCTCCGCTGGGATTTTCTCTTGGATGTCTTGAAAGTTGGAGGCTATGACAGTAAGTTCATTCGCTGGATTGAAGTTATTTTGCACTCTGCTAAGCTGTCGATCCTCTACAATGGGCAACTTTGTGGTTATTTTGGCTGCTCCAGAGGGGTGAGACAAGGGGACCCTCTCTCTCCCATTTTATTTGGTATTGCAGAAGATGTTCTTAGCGCGTTGTTTCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026062
ATGGCTTGTAAGATTGACGTCACGAAAGCTTTTGACACTCTCCGCTGGGATTTTCTCTTGGATGTCTTGAAAGTTGGAGGCTATGACAGTAAGTTCATTCGCTGGATTGAAGTTATTTTGCACTCTGCTAAGCTGTCGATCCTCTACAATGGGCAACTTTGTGGTTATTTTGGCTGCTCCAGAGGGGTGAGACAAGGGGACCCTCTCTCTCCCATTTTATTTGGTATTGCAGAAGATGTTCTTAGCGCGTTGTTTCACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811822.1
MACKIDVTKAFDTLRWDFLLDVLKVGGYDSKFIRWIEVILHSAKLSILYNGQLCGYFGCSRGVRQGDPLSPILFGIAEDVLSALFHNCVTSGHFHPMKFSRRQNFPTHLFYTDDILVFYKATTHNAKTLKTILNYYGSISGQQVSTSKSHVFYTDKLVACLSPIWEFLFLLAELELLICELFMIVLSPSSLDGKVTRESVAVVRLAGIEFALLKRKEFGFTLLKERYLNDFCQARTNVSSTVWLGIQPEVSDLVHDSYSY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器