Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003641`

染色体: Chr05 坐标: 48833945-48834784 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003641`
名称	SmilChr05G003641
描述	uncharacterized mitochondrial protein AtMg00310-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	48833945 - 48834784 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026063`
GeneID	`131026063`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026063`
原始查询	`SmilChr05G003641`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00310` - identity=39.3; qcov=0.52; evalue=5.22e-35; confidence=medium
Rice	`Os09g0545250` - identity=40.1; qcov=0.509; evalue=8.97e-35; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026063

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811823.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811823.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811823.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811823.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811823.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:48833949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr5:48834040`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr5:48834041`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:48834119`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,C38
`Chr5:48834140`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B106,B66,B82,C79,C80,C81,D5
`Chr5:48834157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr5:48834187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,C38
`Chr5:48834205`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B85,C65
`Chr5:48834215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr5:48834242`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,C38
`Chr5:48834267`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B24
`Chr5:48834282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B46,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955840.1
ATGGCCGTAAGGGAGATTGTGGAAAAGTATGAGAAAGCTTCGGGTCAGTCAGTAAATTTTGATAAATCATCTATTACTTTTAGCCCGAATACAAGGCGGAATGAGGAAATGGCAGTGTGCAACATTCTTCAAGTGAGAATGGGTGATGGTTTGCAAAAGTATTTGGGCCTCCCAGCCTTCTCTTTAAGGCAAAAACGACTACAATTCAGTTACTTAACGGAGAAGATTCAAAAGAAATTACTGAGTTGGAAGCAAAGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026063
ATGGCCGTAAGGGAGATTGTGGAAAAGTATGAGAAAGCTTCGGGTCAGTCAGTAAATTTTGATAAATCATCTATTACTTTTAGCCCGAATACAAGGCGGAATGAGGAAATGGCAGTGTGCAACATTCTTCAAGTGAGAATGGGTGATGGTTTGCAAAAGTATTTGGGCCTCCCAGCCTTCTCTTTAAGGCAAAAACGACTACAATTCAGTTACTTAACGGAGAAGATTCAAAAGAAATTACTGAGTTGGAAGCAAAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811823.1
MAVREIVEKYEKASGQSVNFDKSSITFSPNTRRNEEMAVCNILQVRMGDGLQKYLGLPAFSLRQKRLQFSYLTEKIQKKLLSWKQREFSSGGKEVLIKSVIQAVPTCAMQCFRIPDSICEDIHKMCASFWWGDSEEKKKLHWRRWELMCKPKEWGGMGFRNLKAFNRALLAKQQWRLIRNPTSLVARVFKAKYYRDTDIMTAEVKSGASFIWRSLMYSRPLLERGLYWKIGTGLEVDAPNDYWVVEGLSNKIVGRSTVEH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器