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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003648

染色体: Chr05 坐标: 48912769-48916781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003648
名称SmilChr05G003648
描述WAT1-related protein At4g19185-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向48912769 - 48916781 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987134
GeneID130987134
locus_tag-
NCBI NameLOC130987134
原始查询SmilChr05G003648

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WAT1-related protein At4g19185-like
产物WAT1-related protein At4g19185-like
ArabidopsisAT5G45370 (UMAMIT1)
nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834573]
identity=61.8; qcov=1.03; evalue=9.47e-164; confidence=high
RiceOs02g0703900 (OsUMAMIT6)
-
identity=57.7; qcov=1.02; evalue=5.55e-141; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF00892 (EamA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987134

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057766742.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057766742.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057766742.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766742.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766742.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:48913536 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr5:48914817 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 27 A14,B100,B11,B120,B124,B127,B23,B33,B36,B48,B54,B55,B68,B80,B88,C13,C15,C29,C31,C43,C6,C60,C69,C70,C74,C81,D2
Chr5:48914825 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 27 A14,B100,B11,B120,B124,B127,B23,B33,B48,B54,B55,B68,B80,B88,C13,C15,C29,C43,C6,C60,C61,C69,C70,C81,C82,D2,D3
Chr5:48914854 CAA C 2bp_deletion frameshift_variant 41 A14,B11,B120,B122,B124,B126,B127,B23,B24,B33,B41,B44,B48,B53,B54,B62,B66,B68,B80,B81,B88,B90,B92,C27,C29,C31,C32,C51,C54,C6,C60,C62,C68,C69,C70,C74,C81,C82,C87,D2,D3
Chr5:48914858 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 43 A14,B11,B120,B122,B124,B126,B127,B134,B23,B24,B33,B36,B41,B44,B48,B53,B54,B62,B66,B68,B80,B81,B88,B90,B92,C27,C29,C31,C32,C51,C54,C6,C60,C62,C68,C69,C70,C74,C81,C82,C87,D2,D3
Chr5:48914892 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 140 A10,A14,A15,A19,A23,A25,A3,A4,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B106,B109,B11,B111,B113,B115,B117,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B131,B134,B14,B140,B16,B17,B20,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B4,B40,B41,B44,B46,B48,B5,B53,B54,B55,B58,B60,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B70,B72,B75,B79,B80,B81,B82,B86,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B95,B96,C10,C11,C13,C14,C15,C19,C20,C23,C24,C26,C27,C29,C30,C31,C32,C33,C35,C39,C4,C41,C43,C45,C47,C48,C49,C50,C51,C54,C56,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C67,C68,C69,C70,C71,C74,C81,C82,C87,D1,D10,D2,D3,D5,D6,D7,D8
Chr5:48914894 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 141 A10,A14,A15,A19,A23,A25,A3,A4,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B106,B109,B11,B111,B113,B115,B117,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B131,B134,B14,B140,B16,B17,B20,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B4,B40,B41,B44,B46,B48,B5,B53,B54,B55,B58,B60,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B70,B72,B75,B79,B80,B81,B82,B86,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B95,B96,C10,C11,C13,C14,C15,C19,C20,C23,C24,C26,C27,C29,C30,C31,C32,C33,C35,C38,C39,C4,C41,C43,C45,C47,C48,C49,C50,C51,C54,C56,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C67,C68,C69,C70,C71,C74,C81,C82,C87,D1,D10,D2,D3,D5,D6,D7,D8
Chr5:48914897 A ACG 2bp_insertion frameshift_variant 130 A10,A14,A15,A19,A23,A3,A4,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B106,B109,B11,B111,B113,B115,B117,B120,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B13,B131,B134,B14,B16,B17,B20,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B30,B31,B32,B34,B36,B37,B4,B40,B41,B44,B46,B48,B5,B53,B54,B55,B58,B60,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B70,B72,B75,B79,B80,B82,B86,B87,B88,B89,B91,B95,B96,C10,C11,C13,C14,C15,C19,C20,C23,C24,C26,C27,C29,C3,C30,C31,C33,C35,C38,C39,C4,C41,C43,C45,C48,C49,C54,C56,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C67,C69,C70,C71,C74,C81,C82,C87,D1,D10,D2,D3,D5,D6,D7,D8
Chr5:48914905 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 138 A10,A14,A15,A19,A23,A25,A3,A4,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B109,B11,B111,B113,B115,B117,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B13,B134,B14,B140,B16,B17,B20,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B4,B40,B41,B44,B46,B48,B5,B53,B54,B55,B58,B60,B62,B64,B65,B66,B67,B68,B7,B70,B72,B75,B79,B80,B81,B82,B86,B87,B88,B89,B90,B91,B92,B95,B96,C10,C11,C13,C14,C15,C19,C20,C23,C24,C26,C27,C29,C30,C31,C32,C33,C35,C38,C39,C4,C41,C43,C45,C47,C48,C49,C51,C54,C56,C58,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C67,C68,C69,C70,C71,C74,C81,C82,C87,D1,D10,D2,D3,D5,D6,D7,D8
Chr5:48914975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B13,B52
Chr5:48915005 C CAG 2bp_insertion frameshift_variant 84 A11,A13,A19,A23,A4,A5,A7,B102,B105,B109,B11,B113,B114,B115,B120,B122,B128,B132,B135,B20,B21,B22,B27,B30,B34,B40,B45,B53,B56,B62,B68,B7,B70,B71,B72,B77,B81,B82,B86,B88,B92,B95,C14,C15,C17,C18,C2,C20,C24,C29,C3,C30,C31,C32,C35,C39,C40,C42,C44,C45,C47,C49,C51,C6,C60,C61,C62,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C77,C8,C80,C84,D1,D10,D3,D6,D7,D8,D9
Chr5:48915011 TGC T 2bp_deletion frameshift_variant 82 A11,A13,A19,A23,A4,A7,B102,B105,B109,B11,B113,B114,B115,B120,B122,B128,B132,B135,B20,B21,B22,B27,B30,B34,B40,B45,B53,B56,B62,B68,B7,B70,B71,B72,B77,B81,B82,B86,B88,B92,B95,C14,C15,C17,C18,C2,C20,C24,C29,C3,C30,C31,C32,C35,C39,C40,C42,C44,C45,C47,C49,C51,C6,C60,C61,C62,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C77,C8,C80,C84,D1,D10,D3,D6,D7,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766742.1
372 aa
N
1
186
372
EamA
EamA
C
PF00892 EamA 16-138 aa PF00892 EamA 202-339 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766742.1 Pfam PF00892 EamA Domain 16 138 6.2e-28 98.5 EamA-like transporter family
XP_057766742.1 Pfam PF00892 EamA Domain 202 339 6.2e-28 98.5 EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910759.1
ATAAAGGAGAGCTTCAAAATGTTTGATATATGAACTTCAAATTCGACTCCGTAATAAATGAGTCACGTTTGAGCTGGACAATGGACTGTTCACCTTAGTTCTGTTTGATTGAATCGCATTATCCAATATGAGAGCTTAACAATGGAAATTATCTACTACTATAATTTTATCTTTTTAAAGTTAGAAAAAATTGATTTTGTTTGAATTATTAGTGGAGTAGAAAATATCATCTCTCTCCCCCAACATTTTCGAAATCGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987134
ATGGCAGCACAGGTCTCGACGGCCACCGGCGATGTAGCCAGGGCCCATTTGGCCATGGCGGTGGTGCAGCTCTTCAACGGCGGCTACCACGTCATCACCACCGTGGCGCTCAACGACGGAGTCAACCAGTTCGTCTTCTGCGTTTTCCGGGACCTCCTCGCGCTCTTGATTCTTGCCCCCGTCGCCTATTTCGTTGAGAAAAAGAAAAGGTTGCCATTAAACAGACGCCTCGTAGGAACGTTTTTCCTTCTCGGTCTAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766742.1
MAAQVSTATGDVARAHLAMAVVQLFNGGYHVITTVALNDGVNQFVFCVFRDLLALLILAPVAYFVEKKKRLPLNRRLVGTFFLLGLTGIFGNQLLFLLGLSYTNPTYASAIQPSIPVFTFIFAVMMGTETVNLRKIEGQVKLGGTLVCVSGAILMAIFRGPAVFGSEEILTAYAEPNNEVQSEPALWLISNFLGLGIETWHLGVLCLIGNCICMAAFLAIQAPLLAKYPASISVTAYSYGFGAVLMVATGVLATNTSTDW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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