Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003658`

染色体: Chr05 坐标: 49267757-49283017 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003658`
名称	SmilChr05G003658
描述	SNARE-interacting protein KEULE-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	49267757 - 49283017 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987142`
GeneID	`130987142`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987142`
原始查询	`SmilChr05G003658`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SNARE-interacting protein KEULE-like
产物	SNARE-interacting protein KEULE-like
Arabidopsis	`AT1G12360` (KEU) Sec1/munc18-like (SM) proteins superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837791] identity=73.1; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0135900` - identity=62.6; qcov=0.739; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006904 (GO:0006904); GO:0016192 (vesicle-mediated transport); GO:0019905 (syntaxin binding); GO:0030141 (secretory granule)
KEGG	-
Pfam	PF00995 (Sec1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987142

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766748.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057766748.1`
3	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.40000	`XP_057766748.1`
4	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057766749.1`
5	Golgi apparatus	高尔基体	0.40000	`XP_057766751.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:49268566`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr5:49273315`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B75,C24,C3
`Chr5:49273502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B44,C85
`Chr5:49274064`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B44,B75,C24
`Chr5:49274144`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B28,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766748.1

687 aa

344

687

Sec1

PF00995 Sec1 44-660 aa

XP_057766749.1

674 aa

337

674

Sec1

PF00995 Sec1 44-647 aa

XP_057766751.1

641 aa

320

641

Sec1

PF00995 Sec1 57-614 aa

XP_057766752.1

582 aa

291

582

Sec1

PF00995 Sec1 6-555 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766748.1`	Pfam	`PF00995`	Sec1	Family	44	660	5.5e-131	439.3	Sec1 family
`XP_057766749.1`	Pfam	`PF00995`	Sec1	Family	44	647	2.1e-131	440.7	Sec1 family
`XP_057766751.1`	Pfam	`PF00995`	Sec1	Family	57	614	5.9e-106	356.6	Sec1 family
`XP_057766752.1`	Pfam	`PF00995`	Sec1	Family	6	555	2.2e-107	361.3	Sec1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910768.1
GATTGTTATATGAAATGCTCCGATCAACCAAAACAGGCGATTCAAAGTCGAGTTGGAAGGTACTCATTATGGACAAGTTAACAGTTAAAGTAATGTCTTATGCGTGCAAGATGGCAGATATCACTGAGGAAGGAGTTTCATTGGTGGAAGATATACACAAACGAAGACAACCTTTGCCATCCATGGATGCCATATATTTCATCCAACCAACCAAAGAAAACATTGTTATCTTCCTTTCTGATATGTCTGGAAGATCGCCA...

XM_057910765.1
CTTCCCTCAACATCTCCCTTCTCTTTATACAATCCATAACCAGAAATCTTCCCTCAAAACATCTCTCTTCTCTCTCTACAATCCACAACCAGAACTCAGGATCAACAACGTAATTTCGGGGCGTTGAATTGATTCATCCCTTAGAGAAGGAAAAAGATAAAGTCACGCTGTTCGAAATTGTAATCTTATCGTCATGTCGATGTCTGATTCCGATACGTCGTCGCAGGGGAGCGAGTACAAGAATTTTCGCCAAATTAGCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC130987142
ATGTCGATGTCTGATTCCGATACGTCGTCGCAGGGGAGCGAGTACAAGAATTTTCGCCAAATTAGCCGCGATAGATTGTTATATGAAATGCTCCGATCAACCAAAACAGGCGATTCAAAGTCGAGTTGGAAGGTACTCATTATGGACAAGTTAACAGTTAAAGTAATGTCTTATGCGTGCAAGATGGCAGATATCACTGAGGAAGGAGTTTCATTGGTGGAAGATATACACAAACGAAGACAACCTTTGCCATCCATGGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057766748.1
MSMSDSDTSSQGSEYKNFRQISRDRLLYEMLRSTKTGDSKSSWKVLIMDKLTVKVMSYACKMADITEEGVSLVEDIHKRRQPLPSMDAIYFIQPTKENIVIFLSDMSGRSPLYRKAFVFFSSPVSRELVAQIKKDGSVLSRIGALREMNLEYFAIDSQGFITDNERALEDLFGDEESSRRGDACLNVMGTRIATVFASLREFPYVRYRAAKSLDPTTMTTFRDLIPTKLAASVWNNLMKYKANLPNFPQLETCELLILDR...

XP_057766749.1
MSMSDSDTSSQGSEYKNFRQISRDRLLYEMLRSTKTGDSKSSWKVLIMDKLTVKVMSYACKMADITEEGVSLVEDIHKRRQPLPSMDAIYFIQPTKENIVIFLSDMSGRSPLYRKAFVFFSSPVSRELVAQIKKDGSVLSRIGALREMNLEYFAIDSQGFITDNERALEDLFGDEESSRRGDACLNVMGTRIATVFASLREFPYVRYRAAKSLDPTTMTTFRDLIPTKLAASVWNNLMKYKANLPNFPQLETCELLILDR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器