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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003666

染色体: Chr05 坐标: 49572431-49592701 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003666
名称SmilChr05G003666
描述SNARE-interacting protein KEULE-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向49572431 - 49592701 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987149
GeneID130987149
locus_tag-
NCBI NameLOC130987149
原始查询SmilChr05G003666

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SNARE-interacting protein KEULE-like
产物SNARE-interacting protein KEULE-like
ArabidopsisAT1G12360 (KEU)
Sec1/munc18-like (SM) proteins superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837791]
identity=73.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0135900
-
identity=62.3; qcov=0.75; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006904 (GO:0006904); GO:0016192 (vesicle-mediated transport); GO:0019905 (syntaxin binding); GO:0030141 (secretory granule)
KEGG-
PfamPF00995 (Sec1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987149

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766761.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057766764.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057766764.1
4 Clathrin-coated vesicle Clathrin-coated vesicle 0.40000 XP_057766764.1
5 Endocytic vesicle Endocytic vesicle 0.20000 XP_057766761.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:49577031 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C71
Chr5:49577031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:49577041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C69
Chr5:49577093 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 78 A16,A2,A20,A25,A4,A5,A6,A8,B1,B100,B105,B11,B110,B112,B113,B121,B122,B124,B128,B131,B139,B14,B17,B2,B21,B22,B23,B24,B28,B31,B33,B39,B49,B54,B56,B57,B59,B67,B69,B72,B74,B76,B77,B83,B9,B90,B93,B96,C13,C16,C21,C24,C26,C28,C33,C34,C37,C39,C41,C42,C45,C47,C5,C50,C51,C57,C58,C61,C65,C68,C7,C72,C77,C80,C82,C84,C85,D7
Chr5:49581177 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr5:49581223 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 A22,B56,C38
Chr5:49581223 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 A22,B56,C38
Chr5:49581257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B44
Chr5:49581632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr5:49583644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr5:49586707 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:49586773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766761.1
696 aa
N
1
348
696
Sec1
C
PF00995 Sec1 44-679 aa
XP_057766762.1
694 aa
N
1
347
694
Sec1
C
PF00995 Sec1 44-677 aa
XP_057766763.1
683 aa
N
1
342
683
Sec1
C
PF00995 Sec1 44-666 aa
XP_057766764.1
678 aa
N
1
339
678
Sec1
C
PF00995 Sec1 44-661 aa
XP_057766765.1
665 aa
N
1
332
665
Sec1
C
PF00995 Sec1 44-648 aa
XP_057766766.1
641 aa
N
1
320
641
Sec1
C
PF00995 Sec1 1-624 aa
XP_057766767.1
632 aa
N
1
316
632
Sec1
C
PF00995 Sec1 57-615 aa
XP_057766768.1
632 aa
N
1
316
632
Sec1
C
PF00995 Sec1 57-615 aa
XP_057766770.1
593 aa
N
1
296
593
Sec1
C
PF00995 Sec1 1-576 aa
XP_057766771.1
574 aa
N
1
287
574
Sec1
C
PF00995 Sec1 11-557 aa
XP_057766772.1
573 aa
N
1
286
573
Sec1
C
PF00995 Sec1 6-556 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766761.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 44 679 1.1e-125 421.7 Sec1 family
XP_057766762.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 44 677 4e-115 386.9 Sec1 family
XP_057766763.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 44 666 4.6e-126 423.0 Sec1 family
XP_057766764.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 44 661 1.6e-131 441.0 Sec1 family
XP_057766765.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 44 648 6.8e-132 442.3 Sec1 family
XP_057766766.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 1 624 1.1e-119 402.0 Sec1 family
XP_057766767.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 57 615 1.8e-106 358.4 Sec1 family
XP_057766768.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 57 615 1.8e-106 358.4 Sec1 family
XP_057766770.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 1 576 2.9e-116 390.7 Sec1 family
XP_057766771.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 11 557 3.7e-106 357.3 Sec1 family
XP_057766772.1 Pfam PF00995 Sec1 Family 6 556 6.5e-108 363.1 Sec1 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910779.1
ATTTCTGTCTTCCTTTTTCTTCCCTCAACATCTCTCTTCTCTTTATTTATACAAAATCCATAACCAGAAATCTTCCCTCAAAACATCTCTCTTCTCTCTCTACAATCCACAACCAGAACTCAGGATCAACAACGTAATTTCGGGGCGTTGAATTGATTCATCCCTTAGAGAAGGAAAAAGATAAAGTCACGCTGTTCGAAATTGTAATCTTATCGTCATGTCGATGTCTGATTCCGATACGTCGTCGCAGGGGAGCGAGT...
XM_057910778.1
TTCTGTCTTCCTTTTTCTTCCCTCAACATCTCTCTTCTCTTTATTTATACAAAATCCATAACCAGAAATCTTCCCTCAAAACATCTCTCTTCTCTCTCTACAATCCACAACCAGAACTCAGGATCAACAACGTAATTTCGGGGCGTTGAATTGATTCATCCCTTAGAGAAGGAAAAAGATAAAGTCACGCTGTTCGAAATTGTAATCTTATCGTCATGTCGATGTCTGATTCCGATACGTCGTCGCAGGGGAGCGAGTAC...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC130987149
ATGTCGATGTCTGATTCCGATACGTCGTCGCAGGGGAGCGAGTACAAGAATTTTCGCCAAATTAGCCGCGATAGATTGTTATATGAAATGCTCCGATCAGCCAAAACAGGCGATTCAAAGTCGAGTTGGAAGGTACTCATTATGGACAAGTTAACAGTTAAAGTAATGTCTTATGCGTGCAAGATGGCAGATATCACTGAGGAAGGAGTTTCATGTAAGAAATATAAGTGGTGGAAGATATACACAAACGAAGACAACCT...
LOC130987149
ATGTCGATGTCTGATTCCGATACGTCGTCGCAGGGGAGCGAGTACAAGAATTTTCGCCAAATTAGCCGCGATAGATTGTTATATGAAATGCTCCGATCAGCCAAAACAGGCGATTCAAAGTCGAGTTGGAAGGTACTCATTATGGACAAGTTAACAGTTAAAGTAATGTCTTATGCGTGCAAGATGGCAGATATCACTGAGGAAGGAGTTTCATTGGTGGAAGATATACACAAACGAAGACAACCTTTGCCATCCATGGA...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057766761.1
MSMSDSDTSSQGSEYKNFRQISRDRLLYEMLRSAKTGDSKSSWKVLIMDKLTVKVMSYACKMADITEEGVSLVEDIHKRRQPLPSMDAIYFIQPTKEKYGSSPFYHLTLVLASSRYIVIFLSDMSGRSPLYRKAFVFFSSPVSRELVAQIKKDGSVLSRIGALREMNLEYFAIDSQGFITDNERALEDLFGDEESSRRGDACLNVMGTRIATVFASLREFPYVRYRAAKSLDPTTMTTFRDLIPTKLAASVWNNLMKYKA...
XP_057766762.1
MSMSDSDTSSQGSEYKNFRQISRDRLLYEMLRSAKTGDSKSSWKVLIMDKLTVKVMSYACKMADITEEGVSCKKYKWWKIYTNEDNLCHPWMPYISSNQPKKTLLSSFLICLEDRHCTESMSNVLSFLFFRAFVFFSSPVSRELVAQIKKDGSVLSRIGALREMNLEYFAIDSQGFITDNERALEDLFGDEESSRRGDACLNVMGTRIATVFASLREFPYVRYRAAKSLDPTTMTTFRDLIPTKLAASVWNNLMKYKANL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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