Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003670`

染色体: Chr05 坐标: 49647291-49655404 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003670`
名称	SmilChr05G003670
描述	uncharacterized SmilChr05G003670
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	49647291 - 49655404 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987151`
GeneID	`130987151`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987151`
原始查询	`SmilChr05G003670`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=35.7; qcov=0.49; evalue=6.72e-24; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987151

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766773.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057766773.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057766773.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057766773.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766773.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:49650794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B39,C45
`Chr5:49650847`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B3,D5
`Chr5:49650878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C24,C30,C78
`Chr5:49650882`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr5:49650909`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B29,C31
`Chr5:49650949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:49650965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr5:49650976`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C79
`Chr5:49651006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr5:49651009`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr5:49651065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C24,C27
`Chr5:49651146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766773.1

343 aa

172

343

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

PF03732 PEG10_N-capsid 30-110 aa PF00098 zf-CCHC 268-283 aa

XP_057766774.1

343 aa

172

343

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

PF03732 PEG10_N-capsid 30-110 aa PF00098 zf-CCHC 268-283 aa

XP_057766775.1

343 aa

172

343

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

PF03732 PEG10_N-capsid 30-110 aa PF00098 zf-CCHC 268-283 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766773.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	30	110	5.6e-14	53.0	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057766773.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	268	283	2.3e-07	31.3	Zinc knuckle
`XP_057766774.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	30	110	5.6e-14	53.0	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057766774.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	268	283	2.3e-07	31.3	Zinc knuckle
`XP_057766775.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	30	110	5.6e-14	53.0	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057766775.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	268	283	2.3e-07	31.3	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910791.1
ATTCACAGAAAATACAATTATCATCAGCTTTCTTTCCTCTCCAAAAATTCATTCAAATCACAAGCATCCCTTCAAGGAAGTTCTGTCCCGAAAAGCAAATCTGTTACACCATACATCACAAAAACAAAGAACACATGCTGTCCACTTGAGAGAAGGAATTAGCATTGCTTTTACAAGAAGAGAATTGTACATCTTTTATCTACGAGCTTGTTCTATCAAGGTTGAGCGGCAAGTGGTGTCGTGCGAGGCTGAGGGAGGAT...

XM_057910790.1
ATTCACAGAAAATACAATTATCATCAGCTTTCTTTCCTCTCCAAAAATTCATTCAAATCACAAGCATCCCTTCAAGGAAGTTCTGTCCCGAAAAGCAAATCTGTTACACCATACATCACAAAAACAAAGAACACATGCTGTCCACTTGAGAGAAGGAATTAGCATTGCTTTTACAAGAAGAGAATTGTACATCTTTTATCTACGAGCTTGTTCTATCAAGGTTGAGCGGCAAGTGGTGTCGTGCGAGGCTGAGGGAGGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130987151
ATGGCTGGAGAAGGAGAAAGAGGACCTAACCCTGAAGGACATGCGCCACGAATTATACCAGAGCGAAGTGTGGAAGAAAGGTTTCGCAAGCATAATCCACCAACTTTTGATGGGCTCGGTGATCCTCTGGATGCCGAGAGATGGGTAAGAGCTACTGAGAGGATACTCAACCACGTTGGCTGTGGGGATAGGGAGAAACTCACATGCGCAATTTTCCAACTCGTTGATGAGGCTGAATTCTGGTGGGAATCAGTGCGACG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057766773.1
MAGEGERGPNPEGHAPRIIPERSVEERFRKHNPPTFDGLGDPLDAERWVRATERILNHVGCGDREKLTCAIFQLVDEAEFWWESVRRTLTPEQWEVYTWNDFKERLYEKYIPGCYRKKKQDEFWNLRQGSMTVTEYDQMFNQLSRYAPHLVDTDEKCAEKFRQGLRLEIAVPLASQGALTYTQSLSRALNIEAILPKEKESVLAQAPTQDYGKMKRKWEDGNEGNLEKRKQPWRGNRQQQQGHAEGKPLCPTCQKNHYGE...

XP_057766774.1
MAGEGERGPNPEGHAPRIIPERSVEERFRKHNPPTFDGLGDPLDAERWVRATERILNHVGCGDREKLTCAIFQLVDEAEFWWESVRRTLTPEQWEVYTWNDFKERLYEKYIPGCYRKKKQDEFWNLRQGSMTVTEYDQMFNQLSRYAPHLVDTDEKCAEKFRQGLRLEIAVPLASQGALTYTQSLSRALNIEAILPKEKESVLAQAPTQDYGKMKRKWEDGNEGNLEKRKQPWRGNRQQQQGHAEGKPLCPTCQKNHYGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器