当前解析结果
SmilChr05G003679| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003679 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003679 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003679 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 49829780 - 49830825 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026078 |
|---|---|
| GeneID | 131026078 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026078 |
| 原始查询 | SmilChr05G003679 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os10g0351414; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os10g0351414- identity=24; qcov=1.29; evalue=1.43e-16; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026078 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057811836.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057811836.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057811836.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811836.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811836.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:49829815 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 29 | A5,B107,B119,B121,B124,B126,B133,B22,B29,B63,B70,B71,B79,B81,C17,C2,C32,C33,C48,C53,C57,C59,C60,C61,C68,C71,C84,C86,C87 |
Chr5:49829832 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B119,C80 |
Chr5:49829844 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A4,B10,C35,C56 |
Chr5:49829850 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 85 | A10,A11,A15,A19,A2,A21,A24,B10,B100,B102,B107,B108,B109,B118,B12,B123,B125,B127,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B16,B19,B20,B21,B22,B31,B34,B36,B41,B42,B43,B48,B51,B59,B60,B64,B66,B67,B68,B77,B81,B83,B86,B89,B90,B92,B97,C10,C14,C15,C21,C23,C28,C3,C32,C34,C35,C38,C42,C48,C49,C50,C53,C57,C59,C68,C7,C70,C74,C76,C77,C78,C8,C81,C83,C85,D4,D6,D9 |
Chr5:49829893 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 70 | A10,A15,A7,B1,B102,B103,B106,B107,B120,B121,B129,B132,B16,B17,B25,B26,B27,B3,B32,B45,B49,B5,B50,B55,B59,B6,B61,B63,B65,B77,B78,B80,B86,B89,B95,B97,C10,C13,C17,C2,C20,C22,C23,C27,C29,C36,C39,C4,C40,C45,C50,C51,C52,C56,C59,C63,C67,C7,C72,C73,C74,C78,C79,C81,D1,D11,D4,D5,D8,D9 |
Chr5:49829944 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B35 |
Chr5:49829955 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | A20,A3,B54,D9 |
Chr5:49829955 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | A20,A3,B54,D9 |
Chr5:49829956 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A11,A22,B133,B36,D5 |
Chr5:49830000 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 52 | A18,A21,A22,A23,A5,A7,B100,B105,B107,B126,B127,B128,B134,B137,B15,B19,B2,B21,B22,B26,B31,B32,B34,B38,B39,B41,B53,B56,B58,B59,B64,B68,B71,B73,B80,B83,B87,B88,B89,B99,C23,C30,C54,C62,C7,C70,C75,C77,C78,C8,C80,C83 |
Chr5:49830024 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 40 | A22,A23,A5,A7,B100,B107,B127,B128,B134,B15,B19,B2,B21,B22,B26,B31,B34,B38,B39,B41,B53,B56,B58,B59,B64,B71,B73,B83,B89,B99,C23,C30,C54,C62,C7,C70,C77,C78,C8,C83 |
Chr5:49830045 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C81 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。