Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003686`

染色体: Chr05 坐标: 49984997-49988201 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003686`
名称	SmilChr05G003686
描述	uncharacterized SmilChr05G003686
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	49984997 - 49988201 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987161`
GeneID	`130987161`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987161`
原始查询	`SmilChr05G003686`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Profilin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827681]; symbol=AT4G19400; hit=AT4G19400; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Profilin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827681]; symbol=AT4G19400; hit=AT4G19400; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G19400` (AT4G19400) Profilin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827681] identity=63.5; qcov=1.01; evalue=3.3e-67; confidence=high
Rice	`Os05g0241400` - identity=57.1; qcov=0.81; evalue=3.63e-48; confidence=medium
GO	GO:0003779 (actin binding)
KEGG	-
Pfam	PF00235 (Profilin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987161

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766787.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.80000	`XP_057766787.1`
3	Endocytic vesicle	Endocytic vesicle	0.40000	`XP_057766787.1`
4	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.40000	`XP_057766787.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057766787.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:49986535`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,B68
`Chr5:49986568`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	23	A11,A22,A3,B112,B120,B124,B128,B131,B133,B24,B28,B41,B44,B46,B49,B53,B58,B76,B8,C74,C85,C86,D10
`Chr5:49986694`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	32	A18,A23,A6,A9,B105,B110,B115,B137,B19,B27,B38,B39,B40,B46,B48,B64,B7,B71,B78,B98,C11,C23,C31,C57,C60,C62,C64,C69,C71,C74,C82,D1
`Chr5:49986696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B32,C22
`Chr5:49987249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B53,C24,C3
`Chr5:49987264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,C14,D10
`Chr5:49987311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B14,B26,C37
`Chr5:49987311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B14,B26,C37
`Chr5:49987317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,D11
`Chr5:49987702`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,C1,C43,C76
`Chr5:49987703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr5:49987710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766787.1

147 aa

147

Profilin

PF00235 Profilin 10-147 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766787.1`	Pfam	`PF00235`	Profilin	Domain	10	147	9.3e-14	52.3	Profilin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910804.1
TCAGTTCGATTTCGGTTCCTTTGATTTTTTTCGGCTGGGTCCCAAACCGAACCGATAAATAAATAAATACACACACACACACATATATATATATATATATATATGTGTGTGTATATTAATTTTAATTATAATTTTTAAAATCCAAAACCCTAATGCGACACATTTTGAATCATATTTGACTTGAGAACACAATAGTGCAGCGCCGCTCTTCATCTTCTTCCATGTTCGAAAATCGAAAGTTCCATTCCAGTCGTTCTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987161
ATGGATTGGAGCGTTGTGCGAAGGATTTGGGATAAATGGGCAACAAACAACGTGGGGTCTTCAGGCTAGGATTTGAAGGCAGCTCTGTTGATCAACTATGATCCAACCGGACCTTCTCGCTTGGTGTCCACTATTGCAGAGCAAGAAGGCATAAAAGCAGATCCAATTGAAATCAGTCAATTTATCAGTTTTGTCAAGAGAAACAAACTTCAGACGGAGACCTTCTTCATCGGGCCAAACCAATATCTTGTCACCTCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766787.1
MDWSVVRRIWDKWATNNVGSSGXDLKAALLINYDPTGPSRLVSTIAEQEGIKADPIEISQFISFVKRNKLQTETFFIGPNQYLVTSIHESWFCARSLNSSKHAGEGAIVMQTSAFLLVGLYDGSIGAASRAMMVVNQFAAKLGRRNY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器