Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003698`

染色体: Chr05 坐标: 50091911-50094033 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003698`
名称	SmilChr05G003698
描述	uncharacterized SmilChr05G003698
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	50091911 - 50094033 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987187`
GeneID	`130987187`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987187`
原始查询	`SmilChr05G003698`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=36.1; qcov=0.901; evalue=5.04e-68; confidence=medium
Rice	`Os08g0106900` - identity=37.7; qcov=0.961; evalue=2.27e-79; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987187

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766818.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057766818.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057766818.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766818.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766818.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:50092072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B50,B57,B85,C1
`Chr5:50092102`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr5:50092127`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B36,C43,C59,D7
`Chr5:50092169`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B41
`Chr5:50092180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	124	A1,A10,A13,A18,A2,A21,A22,A23,A24,A25,A5,B1,B100,B102,B104,B105,B106,B108,B11,B110,B111,B113,B114,B117,B118,B128,B129,B13,B130,B131,B136,B139,B140,B17,B2,B20,B23,B25,B27,B29,B3,B30,B4,B40,B41,B45,B47,B49,B5,B52,B53,B57,B60,B61,B65,B66,B7,B71,B73,B75,B77,B78,B79,B8,B80,B82,B84,B86,B87,B88,B93,B94,B95,C1,C11,C12,C14,C17,C19,C2,C24,C28,C29,C3,C30,C32,C36,C37,C42,C46,C48,C50,C51,C52,C54,C56,C57,C58,C6,C61,C62,C64,C66,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C75,C76,C78,C79,C80,C82,C86,C9,D1,D10,D2,D3,D4,D7,D8
`Chr5:50092181`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B61,B92
`Chr5:50092195`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr5:50092217`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B104,C29,C6
`Chr5:50092217`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B104,C29,C6
`Chr5:50092228`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr5:50092243`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr5:50092273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766818.1

406 aa

203

406

DUF8040

DDE_Tnp_1

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 65-151 aa PF01609 DDE_Tnp_1 176-343 aa PF13359 DDE_Tnp_4 183-343 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766818.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	65	151	2.5e-23	82.5	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057766818.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	176	343	2.6e-10	41.1	Transposase DDE domain
`XP_057766818.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	183	343	7.1e-21	75.2	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910835.1
GCAGCAGTGTGTCATTAATGTCTCGTAGAGCAGGTCTGCGTGATCGTGACATATGCTTCCTTTTATTACAAGAGATTATGAAAGAACACATCATTCGTTTGGCAATTATGCTTGCATATTATGTTAAGGCTAAATCCAAAAAAAGAATTCGTGGTGACACGGCACTAACATACGAGCTTGTAAGTAAGATCCCCAATCAAGAAAAACATTTAAGTCGTTTGATTGGTCTAAATGACGTAGATTGTATTTCAAACCTACGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987187
ATGTCTCGTAGAGCAGGTCTGCGTGATCGTGACATATGCTTCCTTTTATTACAAGAGATTATGAAAGAACACATCATTCGTTTGGCAATTATGCTTGCATATTATGTTAAGGCTAAATCCAAAAAAAGAATTCGTGGTGACACGGCACTAACATACGAGCTTGTAAGTAAGATCCCCAATCAAGAAAAACATTTAAGTCGTTTGATTGGTCTAAATGACGTAGATTGTATTTCAAACCTACGTATGGATCGACGAACATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766818.1
MSRRAGLRDRDICFLLLQEIMKEHIIRLAIMLAYYVKAKSKKRIRGDTALTYELVSKIPNQEKHLSRLIGLNDVDCISNLRMDRRTFGRLCVILRERGGLVDGRFVTVEEQLAMFLSILAHHKKNRVVRFDFWRSGQTISHYVHAVLGAIIRVHDLFLAKPQAVPDDCTDQRWQWFKGCLGALDGTYISVMVGSEDKPRYRTRKGQISTNVLGVCDRNLNFSYVLTGWEGSAADSRILRDAINRPHGLKVPKGKYYLCDN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器