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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003707

染色体: Chr05 坐标: 50141306-50149698 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003707
名称SmilChr05G003707
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FEI 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50141306 - 50149698 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987172
GeneID130987172
locus_tag-
NCBI NameLOC130987172
原始查询SmilChr05G003707

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FEI 1
产物LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FEI 1
ArabidopsisAT1G31420 (FEI1)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840032]
identity=73.4; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0266800 (OsBAK1-10)
-
identity=70.1; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987172

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057766799.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766799.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766799.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766799.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766799.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50142503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B10,B51,B58,C76
Chr5:50143153 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B68
Chr5:50143273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:50143920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr5:50143953 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B24
Chr5:50144204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr5:50144209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr5:50145192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B58,B76
Chr5:50147115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766799.1
593 aa
N
1
296
593
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 29-68 aa PF00560 LRR_1 121-143 aa PF00560 LRR_1 145-167 aa PF00069 Pkinase 310-573 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 311-575 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766799.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 29 68 1.5e-11 45.1 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057766799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 121 143 1.7e-11 42.6 Leucine Rich Repeat
XP_057766799.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 145 167 1.7e-11 42.6 Leucine Rich Repeat
XP_057766799.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 310 573 1.4e-46 159.8 Protein kinase domain
XP_057766799.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 311 575 7.4e-44 150.7 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910816.1
GCTTGACAGCGCAGCACCGGCGTCGGTCACACGCGCGAAGTATCGCGGTCGCACGTGCTGCCTCCACTCTGCTCTTATTGGCAGAAACTCGATACCCTTTTAATTCTCAGAAATCAGACACAGACACACTCTCTCTCTAACTTCTCTCACTCCAAATCCAACACTCTACACTCTCGACTGTTCGTACCTATACATGCACGCTATACATACACCGACGCATGTATGGTTTTAGAGAGAGAAACTGGACGGTGAGGCCTGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987172
ATGGGCAGCTTCCCTGTGAATTCTTGGCAGTTGCTTTTATGGACTCTATTGCTTTACAACGTGGCAACAGAGCTTAAAGCTCTCAGCCCCGATGGTCAGGCTCTTGTCAACTTTAGGACCGCCATAATTAGCTCAGATGGTATTCTGCAGCAATGGAGACCAGAGGATCCAGACCCATGCAGGTGGAGAGGAGTAAGATGTGACGTGAAGTCAAAGAGAGTAACAGCCTTGATCCTTTCAAACCACAAGTTGAGTGGACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766799.1
MGSFPVNSWQLLLWTLLLYNVATELKALSPDGQALVNFRTAIISSDGILQQWRPEDPDPCRWRGVRCDVKSKRVTALILSNHKLSGPISADIGKLENLQLLALHDNNFYGAIPPKLGNCTQLRSMYLQGNYFSGPIPSELGNLSQLENLDVSSNSLSGTIPASLGNLNKLSSFNVSTNFLVGPIPSDGILAKFQNNSFVGNRGLCGKQIQICKNNSGGSSSSSQPTDSALSQAKKKYSGRLLISAVATVGALLLVALMCF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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