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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003708

染色体: Chr05 坐标: 50160806-50163700 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003708
名称SmilChr05G003708
描述uncharacterized SmilChr05G003708
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50160806 - 50163700 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987217
GeneID130987217
locus_tag-
NCBI NameLOC130987217
原始查询SmilChr05G003708

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987217

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766855.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057766861.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057766855.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766855.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766855.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50161220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C31
Chr5:50161226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C31
Chr5:50161246 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B80,B96,C21,C31
Chr5:50161246 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B80,B96,C21,C31
Chr5:50161268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B80,C85
Chr5:50161273 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B80,C85
Chr5:50161280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:50161295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B80,B90,C4,C85
Chr5:50161891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:50162139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:50162155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B107,B13,C52,C79
Chr5:50162160 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 155 A1,A10,A11,A14,A16,A18,A2,A21,A22,A23,A3,A6,A8,A9,B10,B100,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B111,B114,B119,B12,B122,B123,B125,B127,B128,B129,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B139,B14,B140,B15,B16,B18,B19,B2,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B30,B31,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B44,B46,B47,B48,B51,B54,B55,B6,B60,B63,B66,B68,B71,B72,B73,B78,B8,B81,B82,B83,B85,B87,B90,B91,B92,B93,B94,B95,B96,B99,C10,C13,C14,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C26,C27,C29,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C37,C4,C40,C42,C45,C46,C47,C5,C52,C53,C54,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C7,C72,C73,C77,C78,C79,C8,C81,C84,C85,C86,C9,D11,D2,D3,D4,D5,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

22 records

下载 cDNA FASTA
XR_009089606.1
GAGCCTCTAACTCAATTCTCTATCGCTGACGTGGCAATATAATTCCACGTAACCTATATTTTATATATACATTATTTTATTTATTATTACATCACATTACACGTTTTCACCATTCTCCTCTACTCTCATTTCCATTGATTTCACCATTCTCCTCTCCTCCACCAGATATCCTTCCACCTTCTCCGATGTCAGCGATATTTCCATCCCCCGGTGATCTGCCCTCCCGGCGATTCCACCCACCGGCACATAACACAAAAATC...
XR_009089607.1
GAGCCTCTAACTCAATTCTCTATCGCTGACGTGGCAATATAATTCCACGTAACCTATATTTTATATATACATTATTTTATTTATTATTACATCACATTACACGTTTTCACCATTCTCCTCTACTCTCATTTCCATTGATTTCACCATTCTCCTCTCCTCCACCAGATATCCTTCCACCTTCTCCGATGTCAGCGATATTTCCATCCCCCGGTGATCTGCCCTCCCGGCGATTCCACCCACCGGCACATAACACAAAAATC...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130987217
ATGAAATCGAGGGGTAACGAAATTTGTTCCGATCTGCCTCCCCACTCCACCAATTTCTTCGTTCTGCCTCCCGCCGCGATTCGCTTTGCCGCGCCGGCCACCGTCGAGATCGACACAGTCCGCCGCCTCGCTATGGTATTTTGGGTTCACCCGTCTGCACTAGAAAGCGAAAATGAAAAGTTGTTCGTTATTGCTAAGTATGGTCTTTCATCAAAGGATATCATCCAAAACGACCATTGTCGTCACCGGGCGCAGTCGCC...
LOC130987217
ATGAAATCGAGGGGTAACGAAATTTGTTCCGATCTGCCTCCCCACTCCACCAATTTCTTCGTTCTGCCTCCCGCCGCGATTCGCTTTGCCGCGCCGGCCACCGTCGAGATCGACACAGTCCGCCGCCTCGCTATGGATATCATCCAAAACGACCATTGTCGTCACCGGGCGCAGTCGCCATTGAAGACAGCTGAGATAGAAAGACAACGTTGTTCGGGTGACAGATTGTCTCTAACATTCTCTGGAATCGCAAGTATTAT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057766855.1
MKSRGNEICSDLPPHSTNFFVLPPAAIRFAAPATVEIDTVRRLAMVFWVHPSALESENEKLFVIAKYGLSSKDIIQNDHCRHRAQSPLKTAEIERQRCSGDRLSLTFSGIASENFFNLCCVFFFCFLM
XP_057766856.1
MKSRGNEICSDLPPHSTNFFVLPPAAIRFAAPATVEIDTVRRLAMVFWVHPSALESENEKLFVIAKYGLSSKDIIQNDHCRHRAQSPLKTAEIERQRCSGDRLSLTFSGIASIMLLYVVLLCSA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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