Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003710`

染色体: Chr05 坐标: 50189503-50191385 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003710`
名称	SmilChr05G003710
描述	F-box/kelch-repeat protein SKIP25
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	50189503 - 50191385 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987185`
GeneID	`130987185`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987185`
原始查询	`SmilChr05G003710`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/kelch-repeat protein SKIP25
产物	F-box/kelch-repeat protein SKIP25
Arabidopsis	`AT1G31350` (KUF1) KAR-UP F-box 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840024] identity=51.5; qcov=0.93; evalue=4.9e-122; confidence=high
Rice	`Os06g0711700` - identity=46.1; qcov=0.899; evalue=5.11e-100; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987185

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766816.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766816.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766816.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766816.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057766816.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:50189920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C12,C3,C35,C8
`Chr5:50189968`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,C8
`Chr5:50190152`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,C80,D11
`Chr5:50190499`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr5:50190521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B59,B72,B90,B92,C21
`Chr5:50190521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B59,B72,B90,B92,C21
`Chr5:50190587`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B108
`Chr5:50190772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B44
`Chr5:50190817`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B12,B55
`Chr5:50190925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr5:50191036`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:50191124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910833.1
TCCAACTTTTGCCTTTTATTCTTGACTTCAAAACTTTCATTCCAATTCATAAAATAAGCCATAAAAAATTATTTTAATTTTCACAACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGTGGCTCTATCAAATAGTGCATCAATCAAACTCCAAGGCTCCTCCTCTCCTCCTCCTTTCTCCACCTTTCCGATGAGCAATCCCATCTCCACCACAACTCTCGAGCATCAACTCGCCGCCGCAAAAAGGGCCAAGCACCACCACCACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987185
ATGGTGGCTCTATCAAATAGTGCATCAATCAAACTCCAAGGCTCCTCCTCTCCTCCTCCTTTCTCCACCTTTCCGATGAGCAATCCCATCTCCACCACAACTCTCGAGCATCAACTCGCCGCCGCAAAAAGGGCCAAGCACCACCACCACGCCGCATCGGAGCTACTCCCCGGAATCCCCGACCACCTGAGCCACCTCTGCCTCTCTCTCGTCCCCCCTTCCAAACTCTTCACCGTCTGCCGCTCGTGGCGCCGCCTAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766816.1
MVALSNSASIKLQGSSSPPPFSTFPMSNPISTTTLEHQLAAAKRAKHHHHAASELLPGIPDHLSHLCLSLVPPSKLFTVCRSWRRLIYSPSFPPFLSLYALFLPAESNHHHHHLSNTLQFASFDPISAKWQPLPPPPPDWPLRFLSRHPSFISRRIPVQSVAVAGKLVVLAATNDDFLPALSQPLIFDPLSGNWSLGPQLGSPRRWCVAGASRSAVFVASGIGSQYNTDVARSVEKWDIDSHLHQPPRRRRWTWQKMGNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器