当前解析结果
SmilChr05G003712| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003712 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003712 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003712 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 50239683 - 50241296 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987196 |
|---|---|
| GeneID | 130987196 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987196 |
| 原始查询 | SmilChr05G003712 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G30140 (AT1G30140)Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839894] identity=28; qcov=0.657; evalue=1.04e-06; confidence=low |
| Rice | Os02g0328500- identity=31.3; qcov=0.517; evalue=2.84e-23; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987196 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057766827.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766827.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766827.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766827.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057766827.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:50239862 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B14,B26,C37 |
Chr5:50240287 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C13,C19,C82 |
Chr5:50240301 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B103,B114,B28 |
Chr5:50240311 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B22 |
Chr5:50240315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B129,B68 |
Chr5:50240315 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,B68 |
Chr5:50240316 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B46,C30,C86 |
Chr5:50240318 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 19 | A1,A15,B2,B20,B71,B77,B83,B88,C2,C26,C48,C53,C59,C61,C62,C77,C81,C86,D4 |
Chr5:50240360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | A7,B74,C56 |
Chr5:50240360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B74,C56 |
Chr5:50240374 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B37 |
Chr5:50240375 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A22 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。