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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003714`

染色体: Chr05 坐标: 50257791-50263352 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003714`
名称	SmilChr05G003714
描述	tryptophan--tRNA ligase, cytoplasmic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	50257791 - 50263352 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987191`
GeneID	`130987191`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987191`
原始查询	`SmilChr05G003714`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tryptophan--tRNA ligase, cytoplasmic
产物	tryptophan--tRNA ligase%2C cytoplasmic
Arabidopsis	`AT3G04600` (AT3G04600) Nucleotidylyl transferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819617] identity=86.9; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0540900` - identity=82.6; qcov=0.967; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004830 (tryptophan-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006436 (tryptophanyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00579 (tRNA-synt_1b)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987191

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766821.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057766821.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057766821.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057766821.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766821.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:50257898`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:50257903`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B107,C12
`Chr5:50257903`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,C12
`Chr5:50258592`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B130,B135,B138,B26
`Chr5:50258592`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B130,B135,B138,B26
`Chr5:50258599`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr5:50258635`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B33
`Chr5:50258635`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B33
`Chr5:50258638`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B33
`Chr5:50258638`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B33
`Chr5:50260824`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B8
`Chr5:50263127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,A3,B122,B24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766821.1

399 aa

200

399

tRNA-synt_1b

PF00579 tRNA-synt_1b 84-369 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766821.1`	Pfam	`PF00579`	tRNA-synt_1b	Family	84	369	8.1e-23	81.9	tRNA synthetases class I (W and Y)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910838.1
CGGCCTTACCCCTCCCAAAAACCCTACTCTCAACTAATTCTCTCTCCTCTACTCTCCTCTCCTCTCCTCCTTCTCTTTCTCTCTCTACACGAAAATGGAGAATAAAAGTGACCAAGATAACCAAGAGGAACAAGTCGTGACGCCATGGGAAGTCGCAGCTGAGAAGGGCGGCAAAATCGACTACGACAAGCTTATCGACAAGTTCGGCTGCCAGCGCCTCGACCAGTCCCTCATCGACCGCGTCGCACGTCTCACCGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987191
ATGGAGAATAAAAGTGACCAAGATAACCAAGAGGAACAAGTCGTGACGCCATGGGAAGTCGCAGCTGAGAAGGGCGGCAAAATCGACTACGACAAGCTTATCGACAAGTTCGGCTGCCAGCGCCTCGACCAGTCCCTCATCGACCGCGTCGCACGTCTCACCGGCCGCCCGCCCCACGTCTTCCTCCGCCGCGGCGTCTTCTTCGCCCACCGCGACTTCAATGACGTCCTTGATGCCTATGAGAGAGGGGACAAGTTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766821.1
MENKSDQDNQEEQVVTPWEVAAEKGGKIDYDKLIDKFGCQRLDQSLIDRVARLTGRPPHVFLRRGVFFAHRDFNDVLDAYERGDKFYLYTGRGPSSEALHLGHLVPFMFTKYLQDAFKVPLVIQLTDDEKCMWKNLTVEESQRLARENAKDIIACGFDVSRTFIFSDFDYVGGSFYKNMVRIAKCVTYNKVVGIFGFSGEDHIGKVSFPPVQAAPSFPSSFPHLFSGKDSLRCLIPCAIDQDPYFRMTRDVAPRLGYQKP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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