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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003717

染色体: Chr05 坐标: 50297319-50299553 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003717
名称SmilChr05G003717
描述uncharacterized protein At4g15970-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50297319 - 50299553 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987189
GeneID130987189
locus_tag-
NCBI NameLOC130987189
原始查询SmilChr05G003717

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838021]; symbol=AT1G14590; hit=AT1G14590; species=arabidopsis; confidence=high
产物Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838021]; symbol=AT1G14590; hit=AT1G14590; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G14590 (AT1G14590)
Nucleotide-diphospho-sugar transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838021]
identity=54.3; qcov=0.697; evalue=5.2e-109; confidence=high
RiceOs02g0686300
-
identity=53.2; qcov=0.692; evalue=5.5e-108; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03407 (Nucleotid_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987189

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057766820.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057766820.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766820.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766820.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766820.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50297684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:50297685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B8,D10
Chr5:50298684 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr5:50298761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C46
Chr5:50298763 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr5:50298829 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:50299171 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B52
Chr5:50299345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:50299346 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B52,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766820.1
402 aa
N
1
201
402
Nucleotid_trans
C
PF03407 Nucleotid_trans 163-358 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766820.1 Pfam PF03407 Nucleotid_trans Family 163 358 1.3e-63 215.4 Nucleotide-diphospho-sugar transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910837.1
ATTTGAATTTACTTGGACTGATTTATTTCCGAATATGTTTTGAGTAAATTTTTCTCAACAATGTCTATAAATATGGTTGATAAGCAAAACCAAATTGATGAACAACAAAAATGGGGATTGGAGGTATAGGCGCCAGCACCAAACGGCGAGTAGAAATCCATCCGTACCGGAGCCAATCGCCGCCACTGTTGCACCAACCACCGCCTCCGCCGCCACAATTCTCCCCTGCAGTTTACAGAGCCATATTACTAGCCGCGGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987189
ATGGGGATTGGAGGTATAGGCGCCAGCACCAAACGGCGAGTAGAAATCCATCCGTACCGGAGCCAATCGCCGCCACTGTTGCACCAACCACCGCCTCCGCCGCCACAATTCTCCCCTGCAGTTTACAGAGCCATATTACTAGCCGCGGCGGTCGGCCTAATGTACGTTGTTCTCGGCCAATCCGATTCTCCCCCTCCGCAGCTCCCAATATCGCCTCCATCGTCGCCGCGGGAAGATTCCACACAAACAAATCTCTCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766820.1
MGIGGIGASTKRRVEIHPYRSQSPPLLHQPPPPPPQFSPAVYRAILLAAAVGLMYVVLGQSDSPPPQLPISPPSSPREDSTQTNLSPERESEASLFHMFKSEDLTSQKWEKDGNELELILRKASIEDRKTVIITTVNAAWMEPSSLFDLFLESFKIGNETQKFLENLVVVAMDQEAYHRCKMVHRHCFALTTEGVDFSGEAKFRSGDYLEMMWRRIDFLRSVLEMGYSFIFSDVDIAWMRDPFPRLYEEGDIQMACDVFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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