Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003718`

染色体: Chr05 坐标: 50300474-50302621 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003718`
名称	SmilChr05G003718
描述	uncharacterized SmilChr05G003718
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	50300474 - 50302621 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987209`
GeneID	`130987209`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987209`
原始查询	`SmilChr05G003718`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DUF1997 family protein, putative (DUF1997) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829239]; symbol=AT4G31115; hit=AT4G31115; species=arabidopsis; confidence=high
产物	DUF1997 family protein, putative (DUF1997) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829239]; symbol=AT4G31115; hit=AT4G31115; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G31115` (AT4G31115) DUF1997 family protein, putative (DUF1997) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829239] identity=55.2; qcov=0.822; evalue=4.76e-66; confidence=high
Rice	`Os08g0521800` (OJ1081_B12.109) - identity=51.8; qcov=0.695; evalue=2.62e-59; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF09366 (DUF1997)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987209

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057766840.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057766840.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057766840.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.20000	`XP_057766840.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766840.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:50300622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:50300939`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	9	A19,B100,B104,B18,B65,B82,B99,C26,C54
`Chr5:50301652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C48
`Chr5:50301995`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B101,B140,B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766840.1

236 aa

118

236

DUF1997

PF09366 DUF1997 72-228 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766840.1`	Pfam	`PF09366`	DUF1997	Family	72	228	6.9e-34	117.9	Protein of unknown function (DUF1997)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910857.1
ATGACATGGAATTCACTATCTATAGTTGTTTGTCACTACTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATCCTATCGTATTCTTCTTCATCTCTCTACATCCATGGAGCTCCAAAAACAGCTCTAATTAAGATATGATATCCATGGCCATATCTAACATCAATTCCCCATTCTGCGCCCATCGTTTTCAAGAAACCATCACATTAACGAGGAAGAGAAATGGAGTGATGAAAGTGAAAGCCAAGTTGTCAAAGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987209
ATGATATCCATGGCCATATCTAACATCAATTCCCCATTCTGCGCCCATCGTTTTCAAGAAACCATCACATTAACGAGGAAGAGAAATGGAGTGATGAAAGTGAAAGCCAAGTTGTCAAAGCCAAATGTGAAGAAAGCAAATCTTGGTGCAGCAAGGAAGGAGAGGATAAAGATTCCCAATTATAGTGATGCTGAAAATACTAGCATTTATCATATAAGTCAATTTTTCAGTCATCCATCTGGGATTGAAGCAATCTTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766840.1
MISMAISNINSPFCAHRFQETITLTRKRNGVMKVKAKLSKPNVKKANLGAARKERIKIPNYSDAENTSIYHISQFFSHPSGIEAILNLKALQSYQSLDSNLYRCVLPQVKLLSFEVAPVIDLQVTPTAQHCLVEMISCKFEGSDVAERQNEHFSASMQNKIKWESIGSEQFLDVDVRLNLVLEIYTQPFAMLPPSTVEGPGNIMMQALVDQLVPLLLQQLLQEYEEWVSHQRKRLH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器