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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003721

染色体: Chr05 坐标: 50319174-50328423 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003721
名称SmilChr05G003721
描述protein arginine N-methyltransferase 1.5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50319174 - 50328423 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987169
GeneID130987169
locus_tag-
NCBI NameLOC130987169
原始查询SmilChr05G003721

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein arginine N-methyltransferase 1.5
产物protein arginine N-methyltransferase 1.5
ArabidopsisAT4G31120 (SKB1)
SHK1 binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829240]
identity=74.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0139200 (OsPRMT5)
-
identity=74.1; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008469 (GO:0008469); GO:0034969 (GO:0034969); GO:0035246 (peptidyl-arginine N-methylation)
KEGG-
PfamPF05185 (PRMT5); PF17285 (PRMT5_TIM); PF17286 (PRMT5_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987169

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057766795.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057766795.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057766795.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766795.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766795.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50319528 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:50320266 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr5:50320267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:50320415 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:50320429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:50320437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr5:50320623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:50321148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr5:50324616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:50326247 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,A3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766795.1
652 aa
N
1
326
652
PRMT5_TIM
PRMT5
PRMT5_C
C
PF17285 PRMT5_TIM 38-306 aa PF05185 PRMT5 312-481 aa PF17286 PRMT5_C 484-650 aa
XP_057766796.1
651 aa
N
1
326
651
PRMT5_TIM
PRMT5
PRMT5_C
C
PF17285 PRMT5_TIM 38-305 aa PF05185 PRMT5 311-480 aa PF17286 PRMT5_C 483-649 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766795.1 Pfam PF17285 PRMT5_TIM Domain 38 306 1.9e-82 277.1 PRMT5 TIM barrel domain
XP_057766795.1 Pfam PF05185 PRMT5 Domain 312 481 1.1e-74 250.6 PRMT5 arginine-N-methyltransferase
XP_057766795.1 Pfam PF17286 PRMT5_C Domain 484 650 2.2e-62 210.8 PRMT5 oligomerisation domain
XP_057766796.1 Pfam PF17285 PRMT5_TIM Domain 38 305 9.4e-83 278.1 PRMT5 TIM barrel domain
XP_057766796.1 Pfam PF05185 PRMT5 Domain 311 480 1.1e-74 250.6 PRMT5 arginine-N-methyltransferase
XP_057766796.1 Pfam PF17286 PRMT5_C Domain 483 649 2.2e-62 210.8 PRMT5 oligomerisation domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910813.1
ATGTATAATTGACAGGGACCTCATAAAACCCTAACCTAGCCACATTCATAGCCCGCACATATTTTTTGAACTGCAAACCCCTCCTTAAACCCATTGCTTCCCAATTCTAGAGAGAGAAAATGCCGCTCGGAGAGAGACATGGCGGCGACAAGAGCGAGTCTCGCTACTGCGGCGTCGAGACGGACTTCGACGATGACATGCCCAACCTCCTCTCCTACAACGTCCACGGCGGCTTCGATTTCGTTCTTGCTACTCTTATG...
XM_057910812.1
ATGTATAATTGACAGGGACCTCATAAAACCCTAACCTAGCCACATTCATAGCCCGCACATATTTTTTGAACTGCAAACCCCTCCTTAAACCCATTGCTTCCCAATTCTAGAGAGAGAAAATGCCGCTCGGAGAGAGACATGGCGGCGACAAGAGCGAGTCTCGCTACTGCGGCGTCGAGACGGACTTCGACGATGACATGCCCAACCTCCTCTCCTACAACGTCCACGGCGGCTTCGATTTCGTTCTTGCTACTCTTATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130987169
ATGCCGCTCGGAGAGAGACATGGCGGCGACAAGAGCGAGTCTCGCTACTGCGGCGTCGAGACGGACTTCGACGATGACATGCCCAACCTCCTCTCCTACAACGTCCACGGCGGCTTCGATTTCGTTCTTGCTACTCTTATGGATCCTACATATAGGCCTAGTCTAGTGGACAAAGATACTAGCAGATCATCTGCTCTGCCATTTGCTGGGTCAGACTTGGTCCTAAGCCCTTCACAGTGGAGCAGTCATGTTGTTGGCAA...
LOC130987169
ATGCCGCTCGGAGAGAGACATGGCGGCGACAAGAGCGAGTCTCGCTACTGCGGCGTCGAGACGGACTTCGACGATGACATGCCCAACCTCCTCTCCTACAACGTCCACGGCGGCTTCGATTTCGTTCTTGCTACTCTTATGGATCCTACATATAGGCCTAGTCTAGTGGACAAAGATACTAGCAGATCATCTGCTCTGCCATTTGCTGGGTCAGACTTGGTCCTAAGCCCTTCACAGTGGAGCAGTCATGTTGTTGGCAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766795.1
MPLGERHGGDKSESRYCGVETDFDDDMPNLLSYNVHGGFDFVLATLMDPTYRPSLVDKDTSRSSALPFAGSDLVLSPSQWSSHVVGKISSWIDLDSEDETLRQDSEITLKQEIAWASHLSLQACILPTPKGSSCANYARCLNQILQNLGGMQLWLRIPMVKPEDGIEAGNPEYMGEGDVDSWELWNSFRLLCEHHSQLSVALDILSSLPSASSVARWFGEPVRAAIINTNSFLTNAKGYPCLSKRHQGLITAFFDHSVQV...
XP_057766796.1
MPLGERHGGDKSESRYCGVETDFDDDMPNLLSYNVHGGFDFVLATLMDPTYRPSLVDKDTSRSSALPFAGSDLVLSPSQWSSHVVGKISSWIDLDSEDETLRQDSEITLKQEIAWASHLSLQACILPTPKGSSCANYARCLNQILQNLGGMQLWLRIPMVKPEDGIEAGNPEYMGEGDVDSWELWNSFRLLCEHHSQLSVALDILSSLPSASSVARWFGEPVRAAIINTNSFLTNAKGYPCLSKRHQGLITAFFDHSVQV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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