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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003722

染色体: Chr05 坐标: 50329052-50333259 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003722
名称SmilChr05G003722
描述uncharacterized SmilChr05G003722
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50329052 - 50333259 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987188
GeneID130987188
locus_tag-
NCBI NameLOC130987188
原始查询SmilChr05G003722

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA repair ATPase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816978]; symbol=AT2G24420; hit=AT2G24420; species=arabidopsis; confidence=medium
产物DNA repair ATPase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816978]; symbol=AT2G24420; hit=AT2G24420; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G24420 (AT2G24420)
DNA repair ATPase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816978]
identity=44.3; qcov=1.03; evalue=8.7e-120; confidence=medium
RiceOs08g0519400 (BIP129)
-
identity=47.1; qcov=0.936; evalue=1.04e-115; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057766819.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.60000 XP_057766819.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057766819.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766819.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766819.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50329468 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C31
Chr5:50329607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B21,B22,B33,B52,C82
Chr5:50329699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr5:50329700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C48
Chr5:50329779 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,B22,B33,B52
Chr5:50329827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C48
Chr5:50329853 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B132,B45,B68,C38
Chr5:50329855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr5:50329891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,C12,D7
Chr5:50329899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr5:50330093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:50330256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B136,B66,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910836.1
AAAGGGTGTTACTGTATATTCATCATCACTTTACCCAAAAAATCAAATCATACATGAACATGAATGATCGTGTTCTTGGCGAACGTTGATGTCTCTAGAAATAATAGCACACTACGAATTACAAAAGCAACAGAAAAAGCTGATTAATCGATCAAATTCGGATCGCCGGAGCGCCGTGGTGGCTTAATGGCGACGTTGAGACATTTCGCTTTCACCTTGTTTCTGTCATTGCTCCTCACAGGCTCAATATCCAATGTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987188
ATGGCGACGTTGAGACATTTCGCTTTCACCTTGTTTCTGTCATTGCTCCTCACAGGCTCAATATCCAATGTCGAGGACGAGCTCAGATCAAACGGCATGGATCACTTAAGCTCCAAGATCCGCACTCTTGAGAATCGTATCGAGGAGAAGAGTCAAGAAATAAAGGGTAGGGATGTGTTGATTGCAGCTAAGGAGATGACGATCAAAGAAAATTCACAGAACATAGCCTCTTTGGAGAGTGAAATTGCTTCTCTGCGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766819.1
MATLRHFAFTLFLSLLLTGSISNVEDELRSNGMDHLSSKIRTLENRIEEKSQEIKGRDVLIAAKEMTIKENSQNIASLESEIASLRDNSNSNAVEQLGKANVRASELESQVEKLKRDLAIQIKDKEQLEARAHEVGKMASELNSKADKLEKIVDEQKTKLRKTERALQIAEEEMMKAKFETTSKTKELMKVHGAWFPPWMALHLTYCQSLLEKKWKLHAKPALEPWMQKAFEKKARAEEWVAPHVEKMRTEWLPALKEKW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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