当前解析结果
SmilChr05G003733| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003733 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003733 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003733 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 50423923 - 50426743 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987199 |
|---|---|
| GeneID | 130987199 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987199 |
| 原始查询 | SmilChr05G003733 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829254]; symbol=AT4G31270; hit=AT4G31270; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829254]; symbol=AT4G31270; hit=AT4G31270; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G31270 (AT4G31270)sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829254] identity=34.6; qcov=1.01; evalue=1.02e-37; confidence=low |
| Rice | Os02g0174300- identity=30.8; qcov=0.408; evalue=1.41e-10; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13837 (Myb_DNA-bind_4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987199 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057766831.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766831.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766831.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766831.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057766831.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:50424299 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr5:50426309 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,B98 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766831.1PF13837
Myb_DNA-bind_4 14-96 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766831.1 |
Pfam | PF13837 |
Myb_DNA-bind_4 | Domain | 14 | 96 | 2.2e-11 | 44.7 | Myb/SANT-like DNA-binding domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。