Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003734`

染色体: Chr05 坐标: 50428667-50430867 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003734`
名称	SmilChr05G003734
描述	gamma-glutamylcyclotransferase 2-1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	50428667 - 50430867 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987210`
GeneID	`130987210`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987210`
原始查询	`SmilChr05G003734`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	gamma-glutamylcyclotransferase 2-1-like
产物	gamma-glutamylcyclotransferase 2-1-like
Arabidopsis	`AT5G26220` (AT5G26220) ChaC-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832691] identity=78.3; qcov=0.829; evalue=4.79e-116; confidence=high
Rice	`Os02g0465900` (OsARP) - identity=64.9; qcov=1; evalue=8.46e-106; confidence=high
GO	GO:0003839 (gamma-glutamylcyclotransferase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006751 (glutathione catabolic process); GO:0061928 (glutathione specific gamma-glutamylcyclotransferase activity)
KEGG	smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04752 (ChaC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987210

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057766841.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057766841.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057766841.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766841.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766841.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:50428915`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B71,C71
`Chr5:50428915`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B71,C71
`Chr5:50428919`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B71,C71
`Chr5:50428919`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B71,C71
`Chr5:50430531`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	50	A16,A4,B1,B100,B103,B120,B125,B130,B134,B14,B18,B2,B30,B37,B41,B59,B6,B60,B63,B72,B8,B82,B83,B85,B86,B90,B91,B92,B95,B97,C12,C13,C14,C18,C21,C29,C33,C37,C54,C63,C69,C70,C72,C73,C77,C79,C83,C84,D2,D6
`Chr5:50430544`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,C3,C8
`Chr5:50430565`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C1,C43,C76
`Chr5:50430589`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766841.1

222 aa

111

222

ChaC

PF04752 ChaC 3-180 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766841.1`	Pfam	`PF04752`	ChaC	Family	3	180	1.2e-45	156.4	ChaC-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910858.1
AAAACCACCCCTTCGATTTCATTCCCTCACCTCCCTCCTTGAACACAAACAAACAATTTTGCAGAGAGAGAGAGAGAGAAATCTCAGTTGATTTCAATCTCTCCCTCTATTATCCATTTCCATAGTCGCCTGCTGTAACAACACATCATCTTTGAGTTCCTGCATTGCCTTTGATCCTACTCGTTTACCCTTAAACTCACACTATCTGAATATTTACTTGGATAATTAATCTAAGAAAAGAAGAAATATGGTGCTCTGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987210
ATGGTGCTCTGGGTTTTCGGGTATGGGTCATTGGTGTGGAACCCTGGATTTGAATATGATGACAAAGTGATTGGCTTCGTCAAGGAATACAGGCGCGTATTTGATCTTGCCTGCATTGATCACAGAGGCACGCCTCAGCACCCTGCTAGAACATGTACATTGGAGAAAAAACAAGGATCTCTCTGCTGGGGTGCTGCCTATTGTGTTCGCGGAGGGCCAGAGAAAGAGAAGGCAGCAATGGCGTATCTGGAGAAAAGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766841.1
MVLWVFGYGSLVWNPGFEYDDKVIGFVKEYRRVFDLACIDHRGTPQHPARTCTLEKKQGSLCWGAAYCVRGGPEKEKAAMAYLEKRECEYDEKTLVDFYKEGESEVPLLTGVIVFTSTPDRISNKYYLGPAPLEEMARQIATAFGPCGNNRDYLFSLEKAMFDIGHEDDYVIKLANEVRKVLGIVSVVAKEKKLSAPSLVPLKSSLSPLKLAPLPEAIAMDS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器