Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003736`

染色体: Chr05 坐标: 50438969-50442380 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003736`
名称	SmilChr05G003736
描述	COP9 signalosome complex subunit 5a-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	50438969 - 50442380 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130987193`
GeneID	`130987193`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130987193`
原始查询	`SmilChr05G003736`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	COP9 signalosome complex subunit 5a-like
产物	COP9 signalosome complex subunit 5a-like
Arabidopsis	`AT1G22920` (CSN5A) COP9 signalosome 5A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838899] identity=82.5; qcov=0.992; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0654700` (Osjab1) - identity=80.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0000338 (protein deneddylation); GO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008180 (COP9 signalosome); GO:0008237 (metallopeptidase activity); GO:0019784 (deNEDDylase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01398 (JAB); PF18323 (CSN5_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130987193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766823.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057766823.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057766823.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766823.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766823.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:50439521`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B28
`Chr5:50439535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,C3,C8
`Chr5:50441078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B52
`Chr5:50441105`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B39
`Chr5:50441105`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B39
`Chr5:50441144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B28,B48,B98
`Chr5:50441191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A15
`Chr5:50441209`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	47	A14,A15,A18,A23,A25,A5,A9,B10,B115,B12,B123,B132,B136,B138,B14,B17,B2,B20,B29,B35,B37,B42,B44,B47,B48,B65,B70,B72,B82,B97,C11,C13,C17,C27,C31,C40,C46,C53,C6,C62,C66,C69,C71,C80,C83,D10,D3
`Chr5:50441230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	11	A8,B100,B24,B25,B55,B79,C31,C4,C6,C78,D5
`Chr5:50441250`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B8
`Chr5:50441271`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B48,B72,C28,D4
`Chr5:50441274`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	214	A10,A13,A14,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B11,B110,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B123,B124,B127,B129,B130,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B95,B97,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C20,C21,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C45,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C7,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766823.1

362 aa

181

362

JAB

CSN5_C

PF01398 JAB 61-173 aa PF18323 CSN5_C 261-341 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766823.1`	Pfam	`PF01398`	JAB	Domain	61	173	2e-37	128.3	JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease
`XP_057766823.1`	Pfam	`PF18323`	CSN5_C	Domain	261	341	8.9e-30	103.9	Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910840.1
GTGCACTCACTCAGACTCGACCTTGGCTTCAGGTATGGATCCCTTTTCCTCCTCCGCAATCGCGCGCCAAACCTGGGAGCTGGAGAACAACATCGTCTCCGCCGCGTCCGACGCCGCCGATTCTTCCTCCGCCGCGTCCGACGCGATCTTCTATTTCGACGAAGCGGCGCAGGCCAAGTTCCAGCAGGAGAAGCCGTGGGCGAACGACCCCCACTACTTCAAGCGCGTGAAGATCTCCGCTCTCGCTCTCCTCAAGATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130987193
ATGGATCCCTTTTCCTCCTCCGCAATCGCGCGCCAAACCTGGGAGCTGGAGAACAACATCGTCTCCGCCGCGTCCGACGCCGCCGATTCTTCCTCCGCCGCGTCCGACGCGATCTTCTATTTCGACGAAGCGGCGCAGGCCAAGTTCCAGCAGGAGAAGCCGTGGGCGAACGACCCCCACTACTTCAAGCGCGTGAAGATCTCCGCTCTCGCTCTCCTCAAGATGGTCGTCCACGCGCGCTCCGGCGGCACGATTGAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766823.1
MDPFSSSAIARQTWELENNIVSAASDAADSSSAASDAIFYFDEAAQAKFQQEKPWANDPHYFKRVKISALALLKMVVHARSGGTIEVMGLMQGKTDGDAIIVMDAFALPVEGTETRVNAQADAYEYMVEYSQTTKEAGRPENVVGWYHSHPGYGCWLSGIDVTTQMLNQQYQEPFLAVVIDPTRTVSAGKVDIGAFRTYPEGYKPPDEPVSEYQTIPLNKIEDFGVHCKQYYALDVTYFKSSLDCHLLDLLWNKYWVNTL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器