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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003743

染色体: Chr05 坐标: 50531687-50541589 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003743
名称SmilChr05G003743
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g10690
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50531687 - 50541589 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987171
GeneID130987171
locus_tag-
NCBI NameLOC130987171
原始查询SmilChr05G003743

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g10690
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g10690
ArabidopsisAT5G10690 (AT5G10690)
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein / CBS domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830933]
identity=58.1; qcov=0.907; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0431600 (OsCBSPPR1)
-
identity=53.5; qcov=0.912; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00571 (CBS); PF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987171

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057766798.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057766798.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766798.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766798.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766798.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50531718 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:50531765 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,B86,C29
Chr5:50531817 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 42 A18,A2,A5,B10,B104,B105,B114,B121,B125,B126,B130,B135,B24,B25,B28,B33,B42,B43,B47,B51,B58,B62,B66,B81,B84,B90,B92,B93,C11,C28,C4,C45,C46,C47,C55,C56,C65,C69,C70,C76,C86,D6
Chr5:50533058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr5:50533149 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr5:50537193 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:50537251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B74,B77,C82
Chr5:50537329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr5:50539103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr5:50539263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B112,B24,C22
Chr5:50540690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B112,B24,B41,C22
Chr5:50541391 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766798.1
602 aa
N
1
301
602
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR
PPR
CBS
C
PF13041 PPR_2 83-130 aa PF01535 PPR 86-111 aa PF01535 PPR 121-145 aa PF13041 PPR_2 195-243 aa PF01535 PPR 199-227 aa PF13812 PPR_3 220-261 aa PF12854 PPR_1 227-259 aa PF01535 PPR 234-261 aa PF13812 PPR_3 264-302 aa PF01535 PPR 275-303 aa PF01535 PPR 353-376 aa PF00571 CBS 520-561 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766798.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 83 130 8.5e-38 129.0 PPR repeat family
XP_057766798.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 86 111 4.7e-34 115.0 PPR repeat
XP_057766798.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 121 145 4.7e-34 115.0 PPR repeat
XP_057766798.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 195 243 8.5e-38 129.0 PPR repeat family
XP_057766798.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 199 227 4.7e-34 115.0 PPR repeat
XP_057766798.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 220 261 2.8e-21 76.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766798.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 227 259 1.2e-23 83.2 PPR repeat
XP_057766798.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 234 261 4.7e-34 115.0 PPR repeat
XP_057766798.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 264 302 2.8e-21 76.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057766798.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 275 303 4.7e-34 115.0 PPR repeat
XP_057766798.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 353 376 4.7e-34 115.0 PPR repeat
XP_057766798.1 Pfam PF00571 CBS Domain 520 561 1.8e-07 32.1 CBS domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910815.1
CCGATTCTGCGTCCCACTGCCACATTATCCAAACCATCACTAGCACTTGTTTCCCAACCATAACTTCTCATCTTCTTCATTCAAACTGCAGCTTTCATTTCATCAGCTATGGCCGCTTCTTGATCTCGATCAACCATCCAAATGCAGCTGCTGGCGCGGTCCTCGCCGTTTCTTCTCGCGTCGCCGGCGCTCTCTTGTCGCACGGCGCTTCCTCCTTATCATTTACGCAAACAGCACGCGAGCAAGTGGCCGCTCCGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987171
ATGCAGCTGCTGGCGCGGTCCTCGCCGTTTCTTCTCGCGTCGCCGGCGCTCTCTTGTCGCACGGCGCTTCCTCCTTATCATTTACGCAAACAGCACGCGAGCAAGTGGCCGCTCCGCCGACCTGCCGCCTCCGATCAGCTTAATCTGAAGTCGCTCACCGCCCTCGTCGTTCGGCTCACTCGCCGCCGGCAACTTGCTAAGATATTTGAGGAAATAGAGATTGCTAAAAAGCAACATGGGAAGCTGAACATAATCGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766798.1
MQLLARSSPFLLASPALSCRTALPPYHLRKQHASKWPLRRPAASDQLNLKSLTALVVRLTRRRQLAKIFEEIEIAKKQHGKLNIIVMNAVMQACVHCHDIDSALRVFDEMSKPNGCGVDDITYGTLLKGLGAAQRINEAFQVLESVEKGTAVGDPQLSAEMICGLLNALTESGDLRRANGLLARYGHALQEGGTPSILTFNLLMKGYITAGSPQAALGVHDEILRHGMTPDKLSYNTLIFACIKSENLEKAMQLYEQMKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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