当前解析结果
SmilChr05G003749| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003749 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003749 |
| 描述 | UDP-galactose/UDP-glucose transporter 7 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 50619235 - 50622798 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130987194 |
|---|---|
| GeneID | 130987194 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987194 |
| 原始查询 | SmilChr05G003749 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-galactose/UDP-glucose transporter 7 |
| 产物 | UDP-galactose/UDP-glucose transporter 7 |
| Arabidopsis | AT4G31600 (UTr7)UDP-N-acetylglucosamine (UAA) transporter family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829287] identity=77.2; qcov=0.997; evalue=3.05e-178; confidence=high |
| Rice | Os06g0188100- identity=74.8; qcov=0.978; evalue=1.69e-167; confidence=high |
| GO | GO:0005459 (UDP-galactose transmembrane transporter activity); GO:0005460 (UDP-glucose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03151 (TPT); PF08449 (UAA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987194 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057766825.1 |
| 2 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057766825.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766825.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766825.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766825.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:50620349 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 157 | A10,A11,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B127,B128,B131,B133,B137,B138,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B26,B28,B29,B30,B31,B35,B36,B37,B41,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B57,B6,B60,B61,B64,B65,B68,B69,B7,B71,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B94,B95,C1,C11,C12,C14,C15,C17,C2,C20,C21,C25,C26,C27,C29,C35,C39,C40,C43,C45,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C73,C75,C76,C77,C8,C80,C82,C85,C86,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D8 |
Chr5:50620351 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 156 | A10,A11,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B127,B128,B131,B133,B137,B138,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B26,B28,B29,B30,B31,B35,B36,B37,B41,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B57,B6,B60,B61,B64,B65,B68,B69,B7,B71,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B94,B95,C1,C11,C12,C14,C15,C17,C2,C20,C21,C25,C26,C27,C29,C35,C39,C40,C43,C45,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C73,C75,C76,C77,C8,C80,C82,C85,C86,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D8 |
Chr5:50621339 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 31 | B102,B107,B109,B115,B121,B14,B20,B23,B26,B29,B32,B40,B49,B53,B54,B73,B89,B97,B98,C26,C35,C36,C37,C44,C48,C53,C60,C74,C77,C87,D8 |
Chr5:50621341 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 31 | B102,B107,B109,B115,B121,B14,B20,B23,B26,B29,B32,B40,B49,B53,B54,B73,B89,B97,B98,C26,C35,C36,C37,C44,C48,C53,C60,C74,C77,C87,D8 |
Chr5:50621471 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr5:50621542 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A8,B35 |
Chr5:50622436 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B128 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766825.1PF03151
TPT 21-298 aa
PF08449
UAA 39-263 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766825.1 |
Pfam | PF03151 |
TPT | Family | 21 | 298 | 7.6e-14 | 52.5 | Triose-phosphate Transporter family |
XP_057766825.1 |
Pfam | PF08449 |
UAA | Family | 39 | 263 | 4.6e-08 | 33.3 | UAA transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。