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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003749

染色体: Chr05 坐标: 50619235-50622798 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003749
名称SmilChr05G003749
描述UDP-galactose/UDP-glucose transporter 7
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50619235 - 50622798 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987194
GeneID130987194
locus_tag-
NCBI NameLOC130987194
原始查询SmilChr05G003749

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-galactose/UDP-glucose transporter 7
产物UDP-galactose/UDP-glucose transporter 7
ArabidopsisAT4G31600 (UTr7)
UDP-N-acetylglucosamine (UAA) transporter family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829287]
identity=77.2; qcov=0.997; evalue=3.05e-178; confidence=high
RiceOs06g0188100
-
identity=74.8; qcov=0.978; evalue=1.69e-167; confidence=high
GOGO:0005459 (UDP-galactose transmembrane transporter activity); GO:0005460 (UDP-glucose transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0015297 (antiporter activity)
KEGG-
PfamPF03151 (TPT); PF08449 (UAA)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987194

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057766825.1
2 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057766825.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766825.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766825.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766825.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50620349 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 157 A10,A11,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B127,B128,B131,B133,B137,B138,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B26,B28,B29,B30,B31,B35,B36,B37,B41,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B57,B6,B60,B61,B64,B65,B68,B69,B7,B71,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B94,B95,C1,C11,C12,C14,C15,C17,C2,C20,C21,C25,C26,C27,C29,C35,C39,C40,C43,C45,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C73,C75,C76,C77,C8,C80,C82,C85,C86,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D8
Chr5:50620351 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 156 A10,A11,A14,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B127,B128,B131,B133,B137,B138,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B21,B26,B28,B29,B30,B31,B35,B36,B37,B41,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B57,B6,B60,B61,B64,B65,B68,B69,B7,B71,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B90,B91,B92,B94,B95,C1,C11,C12,C14,C15,C17,C2,C20,C21,C25,C26,C27,C29,C35,C39,C40,C43,C45,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C64,C65,C66,C67,C69,C70,C71,C73,C75,C76,C77,C8,C80,C82,C85,C86,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D8
Chr5:50621339 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 31 B102,B107,B109,B115,B121,B14,B20,B23,B26,B29,B32,B40,B49,B53,B54,B73,B89,B97,B98,C26,C35,C36,C37,C44,C48,C53,C60,C74,C77,C87,D8
Chr5:50621341 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 31 B102,B107,B109,B115,B121,B14,B20,B23,B26,B29,B32,B40,B49,B53,B54,B73,B89,B97,B98,C26,C35,C36,C37,C44,C48,C53,C60,C74,C77,C87,D8
Chr5:50621471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:50621542 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35
Chr5:50622436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766825.1
321 aa
N
1
160
321
TPT
UAA
C
PF03151 TPT 21-298 aa PF08449 UAA 39-263 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766825.1 Pfam PF03151 TPT Family 21 298 7.6e-14 52.5 Triose-phosphate Transporter family
XP_057766825.1 Pfam PF08449 UAA Family 39 263 4.6e-08 33.3 UAA transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910842.1
GTTTTTTTTTATGGTTCCCCCATTTTTTATTATTTTCCCTTTCTTTCCTTTTCACGAATTTTCTCCACACTTGCTCTGTTTTTCTTCAAACTTTCGCTTTCACAAAACCACCCATCTATCTATATTCCTCACTTTGAGCTCTCGATCTGGAGCAACAGATGCCAATCTGTTTTTGGTGAATACTTTCGTGATCTGATTCGCGTAGATAAACTGAATCGACTGTTTGCAATAGAGGTTTAATATTTCTTTCCGGATATGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987194
ATGGAATTCAATCCAGATTCAACTCCATATTTGAGTTTAATTGCAGCTTTATCATATGGAGTTGCTTCAATGGCAATGGTCTTCATCAATAAAGCAGTACTTATGCAATATTCAGACTCAATGACTCTTCTTATGTTTCAGCAATTGGTGACAACTTTGCTTATACACTTCGGTAGAGTATTGGGATACACGAAAGCAAAAGGGTTTAGTGTAGATACAGCAAAAAAACTTCTGCTAGTTTCCTTGTTCTACAATGCAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766825.1
MEFNPDSTPYLSLIAALSYGVASMAMVFINKAVLMQYSDSMTLLMFQQLVTTLLIHFGRVLGYTKAKGFSVDTAKKLLLVSLFYNANVAFALASLKGVNIPMYIAIKRLTPLAVLIAGFFYGKGKPSTQVTLSVLLTAAGVLIAALGDFSFDLVGYSMAFISVFFQTMYLILVERSGAEDGLSSVEIMFYNSVLSLPFLLFLIIATGEFPNSLIMLFAKSNSFSFLVLLVLSLVMGIALNYTMFLCTIVNSALTTTIVGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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