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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003757

染色体: Chr05 坐标: 50739821-50745132 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003757
名称SmilChr05G003757
描述ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向50739821 - 50745132 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987230
GeneID130987230
locus_tag-
NCBI NameLOC130987230
原始查询SmilChr05G003757

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
产物ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
ArabidopsisAT1G05350 (AT1G05350)
NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837034]
identity=74.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0506500
-
identity=74.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0071566 (UFM1 activating enzyme activity); GO:0071569 (protein ufmylation)
KEGG-
PfamPF00899 (ThiF)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987230

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057766870.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057766870.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057766870.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766870.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766870.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:50740063 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B101,B122,B68,C35
Chr5:50740088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B38,B39,C2
Chr5:50740173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr5:50741999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,C12,C3,C8
Chr5:50743308 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C8
Chr5:50743342 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766870.1
430 aa
N
1
215
430
ThiF
C
PF00899 ThiF 65-319 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766870.1 Pfam PF00899 ThiF Domain 65 319 5.6e-56 190.1 ThiF family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910887.1
TGGGGCTTTGATAGAATCACCCATCACAAAAAGGGCTCTTGACGTGGCAAATCCTCATTGGATATTGAATCGTGGAAAACGTCATGAAACCAGATCCCGGTTCACACAACATAACGCCCGGTCCAAACAAAAAAGCTTCCTAATTTGATTGAATTCATATTCTTTTGAAGGTGAAAAACCTCAAAATCTCTATCTCTAAATCCCAATTCACTAAGCGAATTGCCCCATTTCGAGTTAGGCGATTCAGTTTATTGAAGTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987230
ATGGAGGCGGAGCTCAAAGTTTTGCTGAGTGAACTTCACAACCTGAAGGATTCTCTGCGTGATCCTTCTCATATAGGTTTGATTGATCAGATACAATCACGTGTTGAGCATCTATCTACAGCAGAAAAAATAGCAAATGCACAGCGTTCCAAGATTAAGGATATGAGTGCTGAGGTGGTTGATAGCAACCCTTACAGCAGGCTTATGGCACTTCAGAGGATGGGTATCGTGGAAAACTATGAAAGAATTAGAGAATTTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766870.1
MEAELKVLLSELHNLKDSLRDPSHIGLIDQIQSRVEHLSTAEKIANAQRSKIKDMSAEVVDSNPYSRLMALQRMGIVENYERIREFSIAIVGIGGVGSVAAEMLTRCGIGRLLLYDYDKVELANMNRLFFRPDQAGMTKTDAAVQTLSGINPDVVLESYTLNITTVQGFETFMSSLTNKSFRPDKEGSGVDLVLSCVDNYEARMVVNQACNELTQTWMESGVSENAVSGHIQLLVPGETACFACAPPLVVASGVDERTLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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