Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003780`

染色体: Chr05 坐标: 51131294-51134370 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003780`
名称	SmilChr05G003780
描述	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 5-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	51131294 - 51134370 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024841`
GeneID	`131024841`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024841`
原始查询	`SmilChr05G003780`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 5-like
产物	zinc finger protein CONSTANS-LIKE 5-like
Arabidopsis	`AT5G57660` (COL5) CONSTANS-like 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835872] identity=44.4; qcov=1.14; evalue=7.51e-84; confidence=medium
Rice	`Os04g0497700` (OsBBX12) - identity=46.5; qcov=1.01; evalue=3.24e-68; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009909 (regulation of flower development); GO:2000028 (regulation of photoperiodism, flowering)
KEGG	-
Pfam	PF00643 (zf-B_box); PF06203 (CCT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024841

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810357.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810357.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810357.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810357.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057810357.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:51131561`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr5:51131577`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B90,B92,C9
`Chr5:51131631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr5:51131644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:51131753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,B90,C55
`Chr5:51131757`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,B9
`Chr5:51132143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B91,C16,C52
`Chr5:51133957`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr5:51133967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr5:51134087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:51134093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B90,B92,C59
`Chr5:51134146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810357.1

321 aa

160

321

zf-B_box

CCT

PF00643 zf-B_box 11-46 aa PF00643 zf-B_box 47-91 aa PF06203 CCT 264-306 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810357.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	11	46	1.6e-14	54.5	B-box zinc finger
`XP_057810357.1`	Pfam	`PF00643`	zf-B_box	Domain	47	91	1.6e-14	54.5	B-box zinc finger
`XP_057810357.1`	Pfam	`PF06203`	CCT	Motif	264	306	1.3e-17	64.2	CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954374.1
AATTCTTCTATCTTGAGTTCATCACCAATGGCTAAGACCACGCCATTTGTCAGCTCCTGATTGGCTACGTTCCAGATCTCCCATACACACAGCTTTAGCTCTTCCTTTGTACTACTACTACTGCTGTCCTGTCTCTCTTAACACCAATACCATTCCAAAACCTCCACCATTTTTATCCCCTCTCTCTCTCTCTCTACATCAACAACAATCCCTAGCTAGACACCAAACAAATTCCTCCCAAAAGAAGGAAAATCACGAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024841
ATGGGCGGCGACAGCTGGAGCCTAACGGCGAAGCCCTGCGACTCATGCAAGGCGGCGCCGGCCACCGTCTTCTGCCGCGCCGACTCCGCCTTCCTCTGCGCCACCTGCGACACCGACCTCCACGCCCGCCACGCCCGCGTCTGGGTCTGCGACGTCTGCGAGCAGGCGCCCGCCGCCGTCACCTGCAAGGCCGACGACGCCGCCCTCTGCCCCGCCTGCGACGCCGACATCCACTCCGCCAACCCCCTCGCCCGCCGCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810357.1
MGGDSWSLTAKPCDSCKAAPATVFCRADSAFLCATCDTDLHARHARVWVCDVCEQAPAAVTCKADDAALCPACDADIHSANPLARRHERFPVVPFYHAAVKTPRSANFSEEEVEAASWILPDPNTKPLEDSGSPAEYLFSDMDPDPYPDLDLMHKPGHIIVDDKKQYSTDGVVPVQTEKEYGSGHYPGPVVDGYPTYDVDYPASKPFMYNFTSQSISHSVSSSSLEVGVVPEPEPEPEPEPEHNGNGDASKVEIAPTRVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器